Publications HAL de la structure DYLISS
2024
Journal articles
- titre
- Regulus infers signed regulatory relations from few samples' information using discretization and likelihood constraints
- auteur
- Marine Louarn, Guillaume Collet, Eve Barre, Thierry Fest, Olivier Dameron, Anne Siegel, Fabrice Chatonnet
- article
- PLoS Computational Biology, 2024, 20 (1), pp.e1011816. ⟨10.1371/journal.pcbi.1011816⟩
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-
- titre
- A rule-based multiscale model of hepatic stellate cell plasticity: Critical role of the inactivation loop in fibrosis progression
- auteur
- Matthieu Bouguéon, Vincent Legagneux, Octave Hazard, Jeremy Bomo, Anne Siegel, Jerome Feret, Nathalie Theret
- article
- PLoS Computational Biology, 2024, 20 (7), pp.e1011858. ⟨10.1371/journal.pcbi.1011858⟩
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-
- titre
- Empirical evidence for metabolic drift in plant and algal lipid biosynthesis pathways
- auteur
- Maëlle Zonnequin, Arnaud Belcour, Ludovic Delage, Anne Siegel, Samuel Blanquart, Catherine Leblanc, Gabriel V Markov
- article
- Frontiers in Plant Science, 2024, 15, pp.1339132. ⟨10.3389/fpls.2024.1339132⟩
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-
Conference papers
- titre
- Phenotypes Extraction from Text: Analysis and Perspective in the LLM Era
- auteur
- Moussa Baddour, Stéphane Paquelet, Paul Rollier, Marie De Tayrac, Olivier Dameron, Thomas Labbé
- article
- IS 2024 – 12th IEEE International Conference on Intelligent Systems, Aug 2024, Varna, Bulgaria. pp.1-8, ⟨10.1109/IS61756.2024.10705235⟩
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-
- titre
- CEGAR-Based Approach for Solving Combinatorial Optimization Modulo Quantified Linear Arithmetics Problems
- auteur
- Kerian Thuillier, Anne Siegel, Loïc Paulevé
- article
- AAAI 2024 – The 38th Annual AAAI Conference on Artificial Intelligence, Feb 2024, Vancouver, Canada. pp.1-8
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-
Poster communications
- titre
- Metagenome-scale metabolic modelling for the characterization of cross-feeding interactions in Microcystis-associated microbial communities, in the context of freshwater cyanobacterial blooms
- auteur
- Juliette Audemard, Sébastien Halary, Gabriel Markov, Jeanne Got, Anne Siegel, Marie Lefebvre, Julie Leloup, Benjamin Marie, Nicolas Creusot, Binta Dieme, Cleḿence Frioux
- article
- JOBIM 2024 – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2024, Toulouse, France. pp.1-1, 2024
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-
2023
Journal articles
- titre
- Predicting enzymatic function of protein sequences with attention
- auteur
- Nicolas Buton, François Coste, Yann Le Cunff
- article
- Bioinformatics, 2023, 39 (10), pp.1-10. ⟨10.1093/bioinformatics/btad620⟩
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-
- titre
- Phylogenetic inference of the emergence of sequence modules and protein-protein interactions in the ADAMTS-TSL family
- auteur
- Olivier Dennler, François Coste, Samuel Blanquart, Catherine Belleannée, Nathalie Théret
- article
- PLoS Computational Biology, 2023, 19 (8), pp.e1011404. ⟨10.1371/journal.pcbi.1011404⟩
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-
- titre
- Dynamic genome-based metabolic modeling of the predominant cellulolytic rumen bacterium Fibrobacter succinogenes S85
- auteur
- Ibrahim Fakih, Jeanne Got, Carlos Eduardo Robles-Rodriguez, Anne Siegel, Evelyne Forano, Rafael Munoz Tamayo
- article
- mSystems, 2023, 8 (3), pp.1-23. ⟨10.1128/msystems.01027-22⟩
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-
- titre
- Inferring and comparing metabolism across heterogeneous sets of annotated genomes using AuCoMe
- auteur
- Arnaud Belcour, Jeanne Got, Méziane Aite, Ludovic Delage, Jonas Collén, Clémence Frioux, Catherine Leblanc, Simon M Dittami, Samuel Blanquart, Gabriel V. Markov, Anne Siegel
- article
- Genome Research, 2023, 33, pp.972 – 987. ⟨10.1101/gr.277056.122⟩
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-
- titre
- Small networks of expressed genes in the whole blood and relationships to profiles in circulating metabolites provide insights in inter-individual variability of feed efficiency in growing pigs
- auteur
- Camille Juigné, Emmanuelle Becker, Florence Gondret
- article
- BMC Genomics, 2023, 23, pp.1-20. ⟨10.1186/s12864-023-09751-1⟩
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-
- titre
- Fixing molecular complexes in BioPAX standards to enrich interactions and detect redundancies using Semantic Web Technologies
- auteur
- Camille Juigné, Olivier Dameron, François Moreews, Florence Gondret, Emmanuelle Becker
- article
- Bioinformatics, 2023, 39 (5), pp.btad257. ⟨10.1093/bioinformatics/btad257⟩
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-
- titre
- Insights into the potential for mutualistic and harmful host‐microbe interactions affecting brown alga freshwater acclimation
- auteur
- Hetty Kleinjan, Clémence Frioux, Gianmaria Califano, Méziane Aite, Enora Fremy, Elham Karimi, Erwan Corre, Thomas Wichard, Anne Siegel, Catherine Boyen, Simon M. Dittami
- article
- Molecular Ecology, In press, 32 (3), pp.703-723. ⟨10.1111/mec.16766⟩
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-
- titre
- BayesTICS: Local temporal image correlation spectroscopy and Bayesian simulation technique for sparse estimation of diffusion in fluorescence imaging
- auteur
- Anca Caranfil, Yann Le Cunff, Charles Kervrann
- article
- Biological Imaging, 2023, Biological Imaging, 3, pp.1-12. ⟨10.1017/s2633903x23000041⟩
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-
Conference papers
- titre
- Combined transcriptomics and metabolomics in the whole blood to depict feed efficiency in pigs
- auteur
- Camille Juigné, Emmanuelle Becker, Florence Gondret
- article
- 74. Annual meeting of the european federation of animal science (EAAP), EAAP, Aug 2023, Lyon, France. pp.516
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-
Master thesis
- titre
- Learning canonical Potts models
- auteur
- Pablo Espana Gutierrez
- article
- Computer Science [cs]. 2023
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-
- titre
- Identification systématique de modules dans une collection de requêtes SPARQL
- auteur
- Alix Regnier
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. 2023
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-
Theses
- titre
- Kappa language modelling of hepatic star cell dynamics during fibrosis development and reversion
- auteur
- Matthieu Bouguéon
- article
- Médecine humaine et pathologie. Université de Rennes, 2023. Français. ⟨NNT : 2023URENB073⟩
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-
- titre
- Integration and analysis of heterogeneous biological data through multilayer graph exploitation to gain deeper insights into feed efficiency variations in growing pigs
- auteur
- Camille Juigné
- article
- Agricultural sciences. Agrocampus Ouest, 2023. English. ⟨NNT : 2023NSARC170⟩
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-
- titre
- Modèle Transformer pour l’interprétabilité et les prédictions multi-niveaux des fonctions des protéines à partir de leurs séquences
- auteur
- Nicolas Buton
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2023. English. ⟨NNT : 2023URENS040⟩
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-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- Small networks of expressed genes in the whole blood and relationships to profiles in circulating metabolites provide insights in inter-individual variability of feed efficiency in growing pigs
- auteur
- Camille Juigné, Emmanuelle Becker, Florence Gondret
- article
- 2023
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-
2022
Journal articles
- titre
- Improving reusability along the data life cycle: a Regulatory Circuits Case Study
- auteur
- Marine Louarn, Fabrice Chatonnet, Xavier Garnier, Thierry Fest, Anne Siegel, Catherine Faron, Olivier Dameron
- article
- Journal of Biomedical Semantics, 2022, 13 (1), pp.1-11. ⟨10.1186/s13326-022-00266-4⟩
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-
- titre
- Gut microbiota analysis for prediction of clinical relapse in Crohn’s disease
- auteur
- Sylvie Buffet-Bataillon, Guillaume Bouguen, François Fleury, Vincent Cattoir, Yann Le Cunff
- article
- Scientific Reports, 2022, 12 (1), pp.19929. ⟨10.1038/s41598-022-23757-x⟩
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-
- titre
- Rumen microbial genomics: from cells to genes (and back to cells)
- auteur
- Milka Popova, Ibrahim Fakih, Evelyne Forano, Anne Siegel, Rafael Muñoz-Tamayo, Diego Morgavi
- article
- CAB Reviews Perspectives in Agriculture Veterinary Science Nutrition and Natural Resources, 2022, 2022, ⟨10.1079/cabireviews202217025⟩
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-
- titre
- Addressing barriers in comprehensiveness, accessibility, reusability, interoperability and reproducibility of computational models in systems biology
- auteur
- Anna Niarakis, Dagmar Waltemath, James Glazier, Falk Schreiber, Sarah Keating, David Nickerson, Claudine Chaouiya, Anne Siegel, Vincent Noël, Henning Hermjakob, Tomáš Helikar, Sylvain Soliman, Laurence Calzone
- article
- Briefings in Bioinformatics, 2022, 23 (4), pp.1-11. ⟨10.1093/bib/bbac212⟩
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-
- titre
- EXOSC10/Rrp6 is essential for the eight-cell embryo/morula transition
- auteur
- Fabrice G. Petit, Soazik P. Jamin, Pierre-Yves Kernanec, Emmanuelle Becker, Guillaume Halet, Michael Primig
- article
- Developmental Biology, 2022, 483, pp.58-65. ⟨10.1016/j.ydbio.2021.12.010⟩
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-
- titre
- Towards a reproducible interactome: semantic-based detection of redundancies to unify protein-protein interaction databases
- auteur
- Marc Melkonian, Camille Juigné, Olivier Dameron, Gwenaël Rabut, Emmanuelle Becker
- article
- Bioinformatics, 2022, Proceedings, 38 (6), pp.1-7. ⟨10.1093/bioinformatics/btac013⟩
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-
- titre
- MERRIN: MEtabolic Regulation Rule INference from time series data
- auteur
- Kerian Thuillier, Caroline Baroukh, Alexander Bockmayr, Ludovic Cottret, Loïc Paulevé, Anne Siegel
- article
- Bioinformatics, 2022, 38 (Supplement_2), pp.ii127-ii133. ⟨10.1093/bioinformatics/btac479⟩
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-
- titre
- Identifying genes with conserved splicing structure and orthologous isoforms in human, mouse and dog
- auteur
- Nicolas Guillaudeux, Catherine Belleannée, Samuel Blanquart
- article
- BMC Genomics, 2022, 23 (1), pp.1-14. ⟨10.1186/s12864-022-08429-4⟩
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-
- titre
- Disease progression score estimation from multimodal imaging and microRNA data using supervised variational autoencoders
- auteur
- Virgilio Kmetzsch, Emmanuelle Becker, Dario Saracino, Daisy Rinaldi, Agnes Camuzat, Isabelle Le Ber, Olivier Colliot
- article
- IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics, 2022, 26 (12), pp.1-12. ⟨10.1109/JBHI.2022.3208517⟩
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-
- titre
- MicroRNA signatures in genetic frontotemporal dementia and amyotrophic lateral sclerosis
- auteur
- Virgilio Kmetzsch, Morwena Latouche, Dario Saracino, Daisy Rinaldi, Agnès Camuzat, Thomas Gareau, Isabelle Le Ber, Olivier Colliot, Emmanuelle Becker
- article
- Annals of Clinical and Translational Neurology, 2022, pp.1-14. ⟨10.1002/acn3.51674⟩
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-
- titre
- Discrete modeling for integration and analysis of large-scale signaling networks
- auteur
- Pierre Vignet, Jean Coquet, Sébastien Aubert, Matéo Boudet, Anne Siegel, Nathalie Théret
- article
- PLoS Computational Biology, 2022, 18 (6), pp.e1010175. ⟨10.1371/journal.pcbi.1010175⟩
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-
Conference papers
- titre
- A method to identify target molecules and extract the corresponding graph of interactions in BioPAX
- auteur
- Camille Juigné, Olivier Dameron, Florence Gondret, Emmanuelle Becker
- article
- BBCC2022 – Bioinformatics and Computational Biology Conference, Dec 2022, Virtual, Italy
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-
- titre
- Intégration de données de phénotypiques, environnementales et de biodiversité à l’aide des technologies du Web Sémantique
- auteur
- Olivier Dameron, Yael Tirlet, Matéo Boudet, Fabrice Legeai
- article
- SYSINFO-INRAe 2022 – Journées INRAE systèmes d’information pour les données agro-environnementales, Nov 2022, Clermont-Ferrand, France
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-
- titre
- Contributions des entrées sur les sorties pour les réseaux métaboliques sur génomes entiers: performances et utilisation pour des études en nutrition humaine
- auteur
- Oumarou Abdou Arbi, Anne Siegel, Jérémie Bourdon
- article
- CARI 2022 – Colloque Africain sur la Recherche en Informatique et en Mathématiques Appliquées, Oct 2022, Yaoundé, Cameroun. pp.1-12
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-
- titre
- Highlight on semantic web technologies are effective to remove redundancies from protein-protein interaction databases and define reproducible interactomes
- auteur
- Marc Melkonian, Camille Juigné, Olivier Dameron, Gwenaël Rabut, Emmanuelle Becker
- article
- Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jul 2022, Rennes, France. pp.146
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-
- titre
- Detection and correction of non-conformities and redundancies in complexes of molecules in BioPAX
- auteur
- Camille Juigné, Olivier Dameron, François Moreews, Florence Gondret, Emmanuelle Becker
- article
- Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jul 2022, Rennes, France. pp.1-25
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-
- titre
- Highlight on Computing disease progression scores using multimodal variational autoencoders trained with neuroimaging and microRNA data
- auteur
- Virgilio Kmetzsch, Emmanuelle Becker, Dario Saracino, Vincent Anquetil, Daisy Rinaldi, Agnès Camuzat, Thomas Gareau, Isabelle Le Ber, Olivier Colliot
- article
- Jobim 2022 – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2022, Rennes, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- A multimodal variational autoencoder for estimating progression scores from imaging and microRNA data in rare neurodegenerative diseases
- auteur
- Virgilio Kmetzsch, Emmanuelle Becker, Dario Saracino, Vincent Anquetil, Daisy Rinaldi, Agnès Camuzat, Thomas Gareau, Isabelle Le Ber, Olivier Colliot
- article
- SPIE Medical Imaging 2022: Image Processing, Feb 2022, San Diego, California, United States. pp.376-382, ⟨10.1117/12.2607250⟩
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-
Book sections
- titre
- The rule-based model approach. A Kappa model for hepatic stellate cells activation by TGFB1
- auteur
- Matthieu Bouguéon, Pierre Boutillier, Jérôme Feret, Octave Hazard, Nathalie Théret
- article
- Elisabetta De Maria. Systems Biology Modelling and Analysis: Formal Bioinformatics Methods and Tools, Wiley, pp.1-76, 2022, 978-1-119-71653-2
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-
- titre
- Méthodes du Web sémantique pour l’intégration de données en sciences de la vie
- auteur
- Olivier Dameron
- article
- Intégration de données biologiques, ISTE Group, pp.1-30, 2022, 9781789480306
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-
- titre
- Problèmes d’optimisation combinatoire pour l’étude du métabolisme
- auteur
- Clémence Frioux, Anne Siegel
- article
- Approches symboliques de la modélisation et de l’analyse des systèmes biologiques, ISTE éditions, 2022, Encyclopédie Sciences, 9781789480290. ⟨10.51926/ISTE.9029.ch2⟩
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-
Habilitation à diriger des recherches
- titre
- From homogeneous data to heterogeneous data in systems biology
- auteur
- Emmanuelle Becker
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Rennes 1, 2022
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Master thesis
- titre
- Pondération d’automates obtenus par alignements partiels de séquences protéiques
- auteur
- Thibaut Antoine, François Coste
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. 2022
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Search for exposomic causality of liver fibrosis using network analysis
- auteur
- Cécile Beust
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. 2022
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Draft reconstructions of metabolic networks from Nanopore and shotgun metagenomic data.
- auteur
- Moana Aulagner
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. 2022
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Comparative analysis of genome scale metabolic networks in brown algae
- auteur
- Pauline Hamon-Giraud
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. 2022
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Integration of farming and environmental data thanks to Web semantic technologies
- auteur
- Yael Tirlet
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. 2022
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Poster communications
- titre
- Integration and analysis of heterogeneous biological data modelled with multilayer graphs for a better understanding of feed efficiency
- auteur
- Camille Juigné
- article
- Séminaire DIGIT-BIO INRAE, Dec 2022, Ecully, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- PPalign: optimal alignment of Potts models representing proteins with direct coupling information
- auteur
- Hugo Talibart, François Coste, Mathilde Carpentier
- article
- ISMB 2022 – 30th Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, Jul 2022, Madison, United States. pp.1-1
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- EnzBert: Deep attention network for enzyme class predictions
- auteur
- Nicolas Buton, Yann Le Cunff, François Coste
- article
- JOBIM 2022 – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2022, Rennes, France. pp.1-1
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Functional Motif Prediction in ADAMTS-TSL proteins Based on Module(s) and Phenotype(s) Co-appearance
- auteur
- Olivier Dennler, Samuel Blanquart, François Coste, Catherine Belleannée, Nathalie Théret
- article
- ALPHY/AIEM 2022 – Rencontres Génomique évolutive, Bioinformatique, Alignement et Phylogénie, Mar 2022, Rennes, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Theses
- titre
- Characterization in functional modules of ADAMTS-TSL proteins, by phylogeny approaches
- auteur
- Olivier Dennler
- article
- Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2022. Français. ⟨NNT : ⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Combining knowledge-based and sequence comparison approaches to elucidate metabolic functions, from pathways to communities
- auteur
- Arnaud Belcour
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2022. English. ⟨NNT : 2022REN1S061⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Multimodal analysis of neuroimaging and transcriptomic data in genetic frontotemporal dementia
- auteur
- Virgilio Kmetzsch
- article
- Machine Learning [stat.ML]. Sorbonne Université, 2022. English. ⟨NNT : 2022SORUS279⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- Dynamic genome-based metabolic modeling of the predominant cellulolytic rumen bacteriumFibrobacter succinogenesS85
- auteur
- Ibrahim Fakih, Jeanne Got, Carlos Eduardo Robles-Rodriguez, Anne Siegel, Evelyne Forano, Rafael Muñoz-Tamayo
- article
- 2022
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- EsMeCaTa: Estimating metabolic capabilities from taxonomic affiliations
- auteur
- Arnaud Belcour, Baptiste Ruiz, Clémence Frioux, Samuel Blanquart, Anne Siegel
- article
- 2022
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2021
Journal articles
- titre
- PPalign: optimal alignment of Potts models representing proteins with direct coupling information
- auteur
- Hugo Talibart, François Coste
- article
- BMC Bioinformatics, 2021, 22 (317), pp.1-22. ⟨10.1186/s12859-021-04222-4⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Constructing xenobiotic maps of metabolism to predict enzymes catalyzing metabolites capable of binding to DNA
- auteur
- Mael Conan, Nathalie Theret, Sophie Langouet, Anne Siegel
- article
- BMC Bioinformatics, 2021, 22 (1), pp.1-26. ⟨10.1186/s12859-021-04363-6⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Comparative Transcriptome Analysis Provides Insights into Response of Ulva compressa to Fluctuating Salinity Conditions
- auteur
- Qikun Xing, Guiqi Bi, Min Cao, Arnaud Belcour, Méziane Aite, Yunxiang Mao
- article
- Journal of Phycology, 2021, 57 (4), pp.1295-1308. ⟨10.1111/jpy.13167⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Robustness analysis of metabolic predictions in algal microbial communities based on different annotation pipelines
- auteur
- Elham Karimi, Enora Geslain, Arnaud Belcour, Clémence Frioux, Méziane Aite, Anne Siegel, Erwan Corre, Simon M Dittami
- article
- PeerJ, 2021, 9, pp.1-24. ⟨10.7717/peerj.11344⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Converting disease maps into heavyweight ontologies: general methodology and application to Alzheimer’s disease
- auteur
- Vincent Henry, Ivan Moszer, Olivier Dameron, Laura Vila Xicota, Bruno Dubois, Marie-Claude Potier, Martin Hofmann-Apitius, Olivier Colliot
- article
- Database – The journal of Biological Databases and Curation, 2021, pp.1-33. ⟨10.1093/database/baab004⟩
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-
- titre
- Cyanorak v2.1: a scalable information system dedicated to the visualization and expert curation of marine and brackish picocyanobacteria genomes
- auteur
- Laurence Garczarek, Ulysse Guyet, Hugo Doré, Gregory Farrant, Mark Hoebeke, Loraine Brillet-Guéguen, Antoine Bisch, Mathilde Ferrieux, Jukka Siltanen, Erwan Corre, Gildas Le corguillé, Morgane Ratin, Frances Pitt, Martin Ostrowski, Maël Conan, Anne Siegel, Karine Labadie, Jean-Marc Aury, Patrick Wincker, David Scanlan, Frédéric Partensky
- article
- Nucleic Acids Research, 2021, 49 (D1), pp.D667-D676. ⟨10.1093/nar/gkaa958⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Two repeated motifs enriched within some enhancers and origins of replication are bound by SETMAR isoforms in human colon cells
- auteur
- Aymeric Antoine-Lorquin, Peter Arensburger, Ahmed Arnaoty, Sassan Asgari, Martine Batailler, Linda Beauclair, Catherine Belleannée, Nicolas Buisine, Vincent Coustham, Serge Guyetant, Laura Helou, Thierry Lecomte, Bruno Pitard, Isabelle Stévant, Yves Bigot
- article
- Genomics, 2021, 113 (3), pp.1589-1604. ⟨10.1016/j.ygeno.2021.03.032⟩
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-
- titre
- Resurrection of Ancestral Malate Dehydrogenases Reveals the Evolutionary History of Halobacterial Proteins : Deciphering Gene Trajectories and Changes in Biochemical Properties
- auteur
- Samuel Blanquart, Mathieu Groussin, Aline Le Roy, Gergely J Szöllosi, Eric Girard, Bruno Franzetti, Manolo Gouy, Dominique Madern
- article
- Molecular Biology and Evolution, 2021, 38 (9), pp.3754-3774. ⟨10.1093/molbev/msab146⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Semi-Quantitative Targeted Gas Chromatography-Mass Spectrometry Profiling Supports a Late Side-Chain Reductase Cycloartenol-to-Cholesterol Biosynthesis Pathway in Brown Algae
- auteur
- Jean Girard, Goulven Lanneau, Ludovic Delage, Cédric Leroux, Arnaud Belcour, Jeanne Got, Jonas Collén, Catherine Boyen, Anne Siegel, Simon M Dittami, Catherine Leblanc, Gabriel V Markov
- article
- Frontiers in Plant Science, 2021, 12, pp.1-10. ⟨10.3389/fpls.2021.648426⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- PAX2GRAPHML: a Python library for large-scale regulation network analysis using BIOPAX
- auteur
- François Moreews, Hugo Simon, Anne Siegel, Florence Gondret, Emmanuelle Becker
- article
- Bioinformatics, 2021, 37 (24), pp.4889-4891. ⟨10.1093/bioinformatics/btab441⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- Genome-scale network reconstruction of the predominant cellulolytic rumen bacterium Fibrobacter succinogenes S85
- auteur
- Fakih Ibrahim, Jeanne Got, Anne Siegel, Evelyne Forano, Rafael Munoz Tamayo
- article
- 2021 – 12th International Symposium on Gut Microbiology, INRAE ; Rowett Institute UK, Oct 2021, En ligne, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Metabolic complementarity applied to the screening of microbiota and the identification of key species
- auteur
- Clémence Frioux, Arnaud Belcour, Méziane Aite, Anthony Bretaudeau, Falk Hildebrand, Anne Siegel
- article
- CMSB 2021 – 19th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2021, Bordeaux, France. pp.1-27
- Accès au bibtex
-
- titre
- Learning Boolean controls in regulated metabolic networks: a case-study
- auteur
- Kerian Thuillier, Caroline Baroukh, Alexander Bockmayr, Ludovic Cottret, Loïc Paulevé, Anne Siegel
- article
- CMSB 2021 – 19th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2021, Bordeaux, France. pp.159-180, ⟨10.1007/978-3-030-85633-5_10⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Metabolic complementarity applied to the screening of microbiota and the identification of key species
- auteur
- Clémence Frioux, Arnaud Belcour, Méziane Aite, Anthony Bretaudeau, Falk Hildebrand, Anne Siegel
- article
- MPA 2021 – 8th Metabolic Pathway Analysis, Aug 2021, Knoxville, TN, United States. pp.1-27
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-
- titre
- Metabolic complementarity applied to the screening of microbiota and the identification of key species
- auteur
- Clémence Frioux, Arnaud Belcour, Meziane Aite, Anthony Bretaudeau, Falk Hildebrand, Anne Siegel
- article
- JOBIM 2021 – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2021, Paris, France
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-
- titre
- An open generator of synthetic administrative healthcare databases
- auteur
- Thomas Guyet, Tristan Allard, Johanne Bakalara, Olivier Dameron
- article
- IAS 2021 – Atelier Intelligence Artificielle et Santé, Jun 2021, Bordeaux (virtuel), France. pp.1-8
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-
- titre
- An extension of chronicles temporal model with taxonomies -Application to epidemiological studies
- auteur
- Johanne Bakalara, Thomas Guyet, Olivier Dameron, André Happe, Emmanuel Oger
- article
- HEALTHINF 2021 – 14th International Conference on Health Informatics, Feb 2021, online, France. pp.1-10
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-
Master thesis
- titre
- Détection de recombinaisons génomiques et protéomiques homologues par alignement multiple local et partiel
- auteur
- Benjamin Blanc
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. 2021
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-
Other publications
- titre
- Modelling hepatic stellate cells activation by TGFB1 using Kappa language
- auteur
- Matthieu Bouguéon, Pierre Boutillier, Jerome Feret, Octave Hazard, Nathalie Theret
- article
- 2021, pp.1-23
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-
Books
- titre
- Les décodeuses du numérique
- auteur
- Léa Castor, Célia Esnoult, Laure Thiébault, Ali Charara, Olivier Serre, Anne Siegel
- article
- CNRS Editions, 2021, 2271139481
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-
Poster communications
- titre
- A Kappa model for hepatic stellate cells activation by TGFB1
- auteur
- Matthieu Bouguéon, Pierre Boutillier, Jerome Feret, Octave Hazard, Nathalie Theret
- article
- CompSysBio 2021 – Advanced Lecture Course on Computational Systems Biology, Nov 2021, Aussois, France. pp.1-1
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-
- titre
- A Kappa model for hepatic stellate cells activation by TGFB1
- auteur
- Matthieu Bouguéon, Pierre Boutillier, Jerome Feret, Octave Hazard, Nathalie Theret
- article
- CMSB 2021 – 19th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2021, Bordeaux / Virtual, France. pp.1-6
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-
- titre
- Phylogenetic Functional Module Characterization of the ADAMTS / ADAMTS like Protein Family
- auteur
- Olivier Dennler, Samuel Blanquart, François Coste, Catherine Belleannée, Nathalie Theret
- article
- WABI 2021 – Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Aug 2021, Chicago (Online), United States
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-
- titre
- Phylogenetic Functional Module Characterization of the ADAMTS / ADAMTS like Protein Family
- auteur
- Olivier Dennler, Samuel Blanquart, François Coste, Catherine Belleannée, Nathalie Theret
- article
- JOBIM : Journées Ouvertes en Biologie, Informatique & Mathématiques, Jul 2021, Paris, France
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-
- titre
- Assessment of metabolic complementarity in large-scale microbiotas for the identification of key species
- auteur
- Clémence Frioux, Arnaud Belcour, Méziane Aite, Anthony Bretaudeau, Falk Hildebrand, Anne Siegel
- article
- IHMC 2021 – 8th International Human Microbiome Consortium Congress, Jun 2021, Barcelone, Spain. pp.1
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-
Theses
- titre
- To compare gene structures for prediction of alternative coding transcripts in human, mouse and dog
- auteur
- Nicolas Guillaudeux
- article
- Autre [cs.OH]. Université Rennes 1, 2021. Français. ⟨NNT : 2021REN1S079⟩
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-
- titre
- Predictive approach to asses the genotoxicity of environmental contaminants
- auteur
- Maël Conan
- article
- Génétique. Université de Rennes, 2021. Français. ⟨NNT : 2021REN1B010⟩
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-
- titre
- Comparison of homologous protein sequences using direct coupling information by pairwise Potts model alignments
- auteur
- Hugo Talibart
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2021. English. ⟨NNT : 2021REN1S031⟩
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-
2020
Journal articles
- titre
- Metage2Metabo, microbiota-scale metabolic complementarity for the identification of key species
- auteur
- Arnaud Belcour, Clémence Frioux, Méziane Aite, Anthony Bretaudeau, Falk Hildebrand, Anne Siegel
- article
- eLife, 2020, 9, ⟨10.7554/eLife.61968⟩
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-
- titre
- Genome-scale metabolic models of Microbacterium species isolated from a high altitude desert environment
- auteur
- Dinka Mandakovic, Ángela Cintolesi, Jonathan Maldonado, Sebastián Mendoza, Méziane Aite, Alexis Gaete, Francisco Saitua, Miguel Allende, Veronica Cambiazo, Anne Siegel, Alejandro Maass, Mauricio Gonzalez, Mauricio Latorre
- article
- Scientific Reports, 2020, 10 (1), pp.1-12. ⟨10.1038/s41598-020-62130-8⟩
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-
- titre
- Plasma microRNA signature in presymptomatic and symptomatic subjects with C9orf72-associated frontotemporal dementia and amyotrophic lateral sclerosis
- auteur
- Virgilio Kmetzsch, Vincent Anquetil, Dario Saracino, Daisy Rinaldi, Agnès Camuzat, Thomas Gareau, Ludmila Jornea, Sylvie Forlani, Philippe Couratier, David Wallon, Florence Pasquier, Noémie Robil, Pierre de La Grange, Ivan Moszer, Isabelle Le Ber, Olivier Colliot, Emmanuelle Becker
- article
- Journal of Neurology, Neurosurgery and Psychiatry, 2020, 92 (5), pp.485-493. ⟨10.1136/jnnp-2020-324647⟩
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-
- titre
- Innovative Approach to Predict DNA Adduct Formation of Environnemental Contaminants
- auteur
- Maël Conan, Sophie Langouët, Anne Siegel, Nathalie Theret
- article
- Environmental and Molecular Mutagenesis, 2020, 61 (S1), pp.58. ⟨10.1002/em.22405⟩
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-
- titre
- Soil microbiota influences clubroot disease by modulating Plasmodiophora brassicae and Brassica napus transcriptomes
- auteur
- Stéphanie Daval, Kévin Gazengel, Arnaud Belcour, Juliette Linglin, Anne-Yvonne Guillerm-Erckelboudt, Alain Sarniguet, Maria M. Manzanares-Dauleux, Lionel Lebreton, Christophe Mougel
- article
- Microbial Biotechnology, 2020, 13 (5), pp.1648-1672. ⟨10.1111/1751-7915.13634⟩
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-
- titre
- Integration of miRNA‐regulatory networks in hepatic stellate cells identifies TIMP3 as a key factor in chronic liver disease
- auteur
- Fida Azar, Kevin Courtet, Bassil Dekky, Dominique Bonnier, Olivier Dameron, Alain Colige, Vincent Legagneux, Nathalie Theret
- article
- Liver International, 2020, 40 (8), pp.2021-2033. ⟨10.1111/liv.14476⟩
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-
- titre
- Synergic Effects of Temperature and Irradiance on the Physiology of the Marine Synechococcus Strain WH7803
- auteur
- Ulysse Guyet, Ngoc Thanh Nguyen, Hugo Doré, Julie Haguait, Justine Pittera, Maël Conan, Morgane Ratin, Erwan Corre, Gildas Le Corguillé, Loraine A Brillet-Guéguen, Mark M. Hoebeke, Christophe Six, Claudia Steglich, Anne Siegel, Damien Eveillard, Frédéric Partensky, Laurence Garczarek
- article
- Frontiers in Microbiology, 2020, 11, ⟨10.3389/fmicb.2020.01707⟩
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-
- titre
- Using automated reasoning to explore the metabolism of unconventional organisms: a first step to explore host–microbial interactions
- auteur
- Clémence Frioux, Simon Dittami, Anne Siegel
- article
- Biochemical Society Transactions, 2020, 48 (3), pp.901-913. ⟨10.1042/BST20190667⟩
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-
- titre
- Extracellular vesicles produced by human and animal Staphylococcus aureus strains share a highly conserved core proteome
- auteur
- Natayme Rocha Tartaglia, Aurélie Nicolas, Vinicius de Rezende Rodovalho, Brenda Silva Rosa Da Luz, Valérie Briard-Bion, Zuzana Krupova, Anne Thierry, François Coste, Agnès Burel, Patrice P. Martin, Julien Jardin, Vasco Azevedo, Yves Le Loir, Eric Guédon
- article
- Scientific Reports, 2020, 10 (1), pp.1-13. ⟨10.1038/s41598-020-64952-y⟩
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-
- titre
- Metabolic Complementarity Between a Brown Alga and Associated Cultivable Bacteria Provide Indications of Beneficial Interactions
- auteur
- Bertille Burgunter-Delamare, Hetty Kleinjan, Clémence Frioux, Enora Fremy, Margot Wagner, Erwan Corre, Alicia Le Salver, Cédric Leroux, Catherine Leblanc, Catherine Boyen, Anne Siegel, Simon Dittami
- article
- Frontiers in Marine Science, 2020, 7, pp.1-11. ⟨10.3389/fmars.2020.00085⟩
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-
- titre
- Inferring Biochemical Reactions and Metabolite Structures to Understand Metabolic Pathway Drift
- auteur
- Arnaud Belcour, Jean Girard, Méziane Aite, Ludovic Delage, Camille Trottier, Charlotte Marteau, Cédric J-J Leroux, Simon M. Dittami, Pierre Sauleau, Erwan Corre, Jacques Nicolas, Catherine Boyen, Catherine Leblanc, Jonas Collén, Anne Siegel, Gabriel V Markov
- article
- iScience, 2020, 23 (2), pp.100849. ⟨10.1016/j.isci.2020.100849⟩
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-
- titre
- A pipeline to create predictive functional networks: application to the tumor progression of hepatocellular carcinoma
- auteur
- Maxime Folschette, Vincent Legagneux, Arnaud Poret, Lokmane Chebouba, Carito Guziolowski, Nathalie Théret
- article
- BMC Bioinformatics, 2020, 21 (1), pp.18. ⟨10.1186/s12859-019-3316-1⟩
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-
- titre
- The genome of Ectocarpus subulatus – A highly stress-tolerant brown alga
- auteur
- Simon M. Dittami, Erwan Corre, Loraine Brillet-Guéguen, Agnieszka Lipinska, Noé Pontoizeau, Meziane Aite, Komlan Avia, Christophe Caron, Chung Hyun Cho, Jonas Collen, Alexandre Cormier, Ludovic Delage, Sylvie Doubleau, Clémence Frioux, Angélique Gobet, Irene González-Navarrete, Agnès Groisillier, Cécile Herve, Didier Jollivet, Hetty Kleinjan, Catherine Leblanc, Xi Liu, Dominique Marie, Gabriel V Markov, André E. Minoche, Misharl Monsoor, Pierre Péricard, Marie-Mathilde Perrineau, Akira F. Peters, Anne Siegel, Amandine Siméon, Camille Trottier, Hwan Su Yoon, Heinz Himmelbauer, Catherine Boyen, Thierry Tonon
- article
- Marine Genomics, 2020, 52, pp.100740. ⟨10.1016/j.margen.2020.100740⟩
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-
Conference papers
- titre
- An extension of chronicles temporal model with taxonomies
- auteur
- Johanne Bakalara, Thomas Guyet, Olivier Dameron, André Happe, Emmanuel Oger
- article
- BDA 2020 – 36ème Conférence sur la Gestion des Données – Principes, Technologies et Applications, Oct 2020, Virtual, France. pp.1-10
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-
- titre
- ComPotts: Optimal alignment of coevolutionary models for protein sequences
- auteur
- Hugo Talibart, François Coste
- article
- JOBIM 2020 – Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2020, Montpellier, France. pp.1-8
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-
- titre
- Steps in the Representation of Concept Lattices and Median Graphs
- auteur
- Alain Gély, Miguel Couceiro, Laurent Miclet, Amedeo Napoli
- article
- CLA 2020 – 15th International Conference on Concept Lattices and Their Applications, Sadok Ben Yahia; Francisco José Valverde Albacete; Martin Trnecka, Jun 2020, Tallinn, Estonia. pp.1-11
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-
Book sections
- titre
- Integrative models for TGF-$\beta$ signaling and extracellular matrix
- auteur
- Nathalie Theret, Jérôme Feret, Arran Hodgkinson, Pierre Boutillier, Pierre Vignet, Ovidiu Radulescu
- article
- Sylvie Ricard-Blum. Extracellular Matrix Omics, 7, Springer, pp.17, 2020, Biology of Extracellular Matrix, 978-3-030-58329-3. ⟨10.1007/978-3-030-58330-9_10⟩
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-
Master thesis
- titre
- Rapport de stage Master 2 : Apprentissage et étude de Transformer pour la classification en familles protéiques
- auteur
- Nicolas Buton
- article
- Intelligence artificielle [cs.AI]. 2020
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-
Poster communications
- titre
- Metage2Metabo: metabolic complementarity applied to genomes of large-scale microbiotas for the identification of keystone species
- auteur
- Arnaud Belcour, Clémence Frioux, Méziane Aite, Anthony Bretaudeau, Falk Hildebrand, Anne Siegel
- article
- JOBIM 2020 – Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique, Jun 2020, Montpellier / Virtual, France. ⟨10.1101/803056⟩
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-
Reports
- titre
- État des lieux MoDaL (Multi-Scale Data Links)
- auteur
- Aurélien Cornet, Christian Barillot, Olivier Dameron, Alban Gaignard, Camille Maumet, Richard Redon, Anne Siegel
- article
- [Rapport de recherche] IRISA, Inria Rennes. 2020
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-
- titre
- WorkShop MoDaL (Multi-Scale Data Links)
- auteur
- Aurélien Cornet, Christian Barillot, Olivier Dameron, Alban Gaignard, Camille Maumet, Richard Redon, Anne Siegel
- article
- [Rapport de recherche] IRISA, Inria Rennes. 2020
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-
Theses
- titre
- Identification of causal pathologic signature by multi-omic data integration
- auteur
- Méline Wery
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2020. Français. ⟨NNT : 2020REN1S071⟩
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-
- titre
- Analysis and integration of heterogeneous large-scale genomics data : application to B cell differentiation and follicular lymphoma non coding mutations
- auteur
- Marine Louarn
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2020. English. ⟨NNT : 2020REN1S088⟩
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-
- titre
- Analysis and integration of heterogeneous large-scale genomics data
- auteur
- Marine Louarn
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2020. English. ⟨NNT : ⟩
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-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- Soil microbiota influences clubroot disease by modulating Plasmodiophora brassicae and Brassica napus transcriptomes
- auteur
- Stéphanie Daval, Kévin Gazengel, Arnaud Belcour, Juliette J. Linglin, Anne-Yvonne Guillerm-Erckelboudt, Alain Sarniguet, Maria M. Manzanares-Dauleux, Lionel Lebreton, Christophe Mougel
- article
- 2020
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-
2019
Journal articles
- titre
- Genome–Scale Metabolic Networks Shed Light on the Carotenoid Biosynthesis Pathway in the Brown Algae Saccharina japonica and Cladosiphon okamuranus
- auteur
- Delphine Nègre, Méziane Aite, Arnaud Belcour, Clémence Frioux, Loraine Brillet-Guéguen, Xi Liu, Philippe Bordron, Olivier Godfroy, Agnieszka P. Lipinska, Catherine Leblanc, Anne Siegel, Simon Dittami, Erwan Corre, Gabriel V. Markov
- article
- Antioxidants , 2019, 8 (11), pp.564. ⟨10.3390/antiox8110564⟩
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-
- titre
- Evolution of the human cold/menthol receptor, TRPM8
- auteur
- Samuel Blanquart, Anne-Sophie Borowiec, Philippe Delcourt, Martin Figeac, Christopher A Emerling, Andrea S Meseguer, Morad Roudbaraki, Natalia Prevarskaya, Gabriel Bidaux
- article
- Molecular Phylogenetics and Evolution, 2019, 136, pp.104-118. ⟨10.1016/j.ympev.2019.04.011⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Estimating probabilistic context-free grammars for proteins using contact map constraints
- auteur
- Witold Dyrka, Mateusz Pyzik, François Coste, Hugo Talibart
- article
- PeerJ, 2019, 7, pp.1-35. ⟨10.7717/peerj.6559⟩
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-
- titre
- Sequence selection by FitSS4ASR alleviates ancestral sequence reconstruction as exemplified for geranylgeranylglyceryl phosphate synthase
- auteur
- Kristina Straub, Mona Linde, Cosimo Kropp, Samuel Blanquart, Patrick Babinger, Rainer Merkl
- article
- Biological Chemistry, 2019, 400 (3), pp.367-381. ⟨10.1515/hsz-2018-0344⟩
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-
- titre
- queryMed: Semantic Web functions for linking pharmacological and medical knowledge to data
- auteur
- Yann Rivault, Olivier Dameron, Nolwenn Le Meur
- article
- Bioinformatics, 2019, 35 (17), pp.3203-3205. ⟨10.1093/bioinformatics/btz034⟩
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-
- titre
- In silico prediction of Heterocyclic Aromatic Amines metabolism susceptible to form DNA adducts in humans
- auteur
- Victorien Delannée, Sophie Langouët, Anne Siegel, Nathalie Théret
- article
- Toxicology Letters, 2019, 300, pp.18-30. ⟨10.1016/j.toxlet.2018.10.011⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Formalizing and enriching phenotype signatures using Boolean networks
- auteur
- Méline Wery, Olivier Dameron, Jacques Nicolas, Elisabeth Rémy, Anne Siegel
- article
- Journal of Theoretical Biology, 2019, 467, pp.66-79. ⟨10.1016/j.jtbi.2019.01.015⟩
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-
Conference papers
- titre
- Learning boolean regulations based on prior-knowledge data: a logical-based viewpoint
- auteur
- Anne Siegel
- article
- SASB 2019 – 10th International Workshop on Static Analysis for Systems Biology, Oct 2019, Porto, Portugal
- Accès au bibtex
-
- titre
- Increasing life science resources re-usability using Semantic Web technologies
- auteur
- Marine Louarn, Fabrice Chatonnet, Xavier Garnier, Thierry Fest, Anne Siegel, Olivier Dameron
- article
- eScience 2019 – 15th International eScience Conference, Sep 2019, San Diego, United States. pp.1-9
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Using automated reasoning to explore unconventional organisms: a first step to explore host-microbial interactions
- auteur
- Anne Siegel
- article
- MPA 2019 – Conference on Metabolic Pathway Analysis, Aug 2019, Riga, Latvia
- Accès au bibtex
-
- titre
- Linking pharmacological and medical knowledge using semantic Web technologies
- auteur
- Nolwenn Le Meur, Yann Rivault, Olivier Dameron
- article
- useR! 2019 – Conférence internationale des utilisateurs de R, Jul 2019, Toulouse, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Conciliation of process description and molecular interaction networks using logical properties of ontology
- auteur
- Vincent J. Henry, Giulia Bassignana, Violetta Zujovic, Fabrizio de Vico Fallani, Olivier Dameron, Ivan Moszer, Olivier Colliot
- article
- JOBIM 2019 – Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- AskOmics: a user-friendly interface to Semantic Web technologies for integrating local datasets with reference resources
- auteur
- Xavier Garnier, Anthony Bretaudeau, Fabrice Legeai, Anne Siegel, Olivier Dameron
- article
- JOBIM 2019 – Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. pp.1
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Temporal models of care sequences for the exploration of medico-administrative data
- auteur
- Johanne Bakalara, Thomas Guyet, Olivier Dameron, Emmanuel Oger, André Happe
- article
- 2019 – Workshop IA&Santé, PFIA, Jul 2019, Toulouse, France. pp.1-8
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Biseau: An Answer Set Programming Environment for High-Level Specification and Graph Visualization applied to FCA
- auteur
- Lucas Bourneuf
- article
- ICFCA 2019 – International Conference on Formal Concept Analysis, Jun 2019, Frankfort, Germany. pp.1-6
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Concept Lattices as a Search Space for Graph Compression
- auteur
- Lucas Bourneuf, Jacques Nicolas
- article
- ICFCA 2019 – 15th International Conference on Formal Concept Analysis, Jun 2019, Francfort, Germany. pp.274-289, ⟨10.1007/978-3-030-21462-3_18⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Using residues coevolution to search for protein homologs through alignment of Potts models
- auteur
- Hugo Talibart, François Coste
- article
- CECAM 2019 – workshop on Co-evolutionary methods for the prediction and design of protein structure and interactions, CECAM-HQ-EPFL, Jun 2019, Lausanne, Switzerland. pp.1-2
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Master thesis
- titre
- Linear programming for metabolic network completion
- auteur
- Kerian Thuillier
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. 2019
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Regulation of genes regulating fecondity and early embryonic development by miRNAs in the Medaka fish
- auteur
- Fanny Casse Encadrée
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. 2019
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Faster SPARQL Federated Queries
- auteur
- Antoine Abel
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. 2019
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Evaluation of the public databases’ relevance as comprehensive tools for pharmacological mechanisms
- auteur
- Pierre Beaudier
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. 2019
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Caractérisation en modules fonctionnels de la famille de protéines ADAMTS / ADAMTSL
- auteur
- Olivier Dennler
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. 2019
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-
Poster communications
- titre
- Predicting isoform transcripts: What does the comparison of known transcripts in human, mouse and dog tell us?
- auteur
- Nicolas Guillaudeux, Catherine Belleannée, Samuel Blanquart, Jean-Stéphane Varré
- article
- JOBIM 2019 – Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. 8, pp.1, 2019, ⟨10.7490/f1000research.1117311.1⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Using residues coevolution to search for protein homologs through alignment of Potts models
- auteur
- Hugo Talibart, François Coste
- article
- JOBIM 2019 – Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. pp.1
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Identification of causal signature using omics data integration and network reasoning-based analysis
- auteur
- Méline Wery, Emmanuelle Becker, Franck Auge, Charles Bettembourg, Olivier Dameron, Anne Siegel
- article
- JOBIM 2019 – Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. pp.1
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Theses
- titre
- A search space of graph motifs for graph compression : from Powergraphs to triplet concepts
- auteur
- Lucas Bourneuf
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2019. English. ⟨NNT : 2019REN1S060⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- The genome of Ectocarpus subulatus -a highly stress-tolerant brown alga
- auteur
- Simon M. Dittami, Erwan Corre, Loraine Brillet-Guéguen, Agnieszka Lipinska, Méziane Aite, Komlan Avia, Christophe Caron, Chung Hyun Cho, Jonas Collen, Alexandre Cormier, Ludovic Delage, Sylvie Doubleau, Clémence Frioux, Angélique Gobet, Irene González-Navarrete, Agnès Groisillier, Cécile Hervé, Didier Jollivet, Hetty Kleinjan, Catherine Leblanc, Xi Liu, Dominique Marie, Gabriel V Markov, André E Minoche, Pierre Pericard, Marie-Mathilde Perrineau, Akira F Peters, Anne Siegel, Camille Trottier, Hwan Su Yoon, Heinz Himmelbauer, Catherine Boyen, Thierry Tonon
- article
- 2019
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Deep learning languages: a key fundamental shift from probabilities to weights?
- auteur
- François Coste
- article
- 2019
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2018
Journal articles
- titre
- Hybrid Metabolic Network Completion
- auteur
- Clémence Frioux, Torsten Schaub, Sebastian Schellhorn, Anne Siegel, Philipp Wanko
- article
- Theory and Practice of Logic Programming, 2018, pp.1-23. ⟨10.1017/S1471068418000455⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- MiR-202 controls female fecundity by regulating medaka oogenesis
- auteur
- Stéphanie Gay, Jérôme Bugeon, Amine Bouchareb, Laure Henry, Clara Delahaye, Fabrice Legeai, Jérôme Montfort, Aurélie Le Cam, Anne Siegel, Julien Bobe, Violette Thermes
- article
- PLoS Genetics, 2018, 14 (9), pp.1-26. ⟨10.1371/journal.pgen.1007593⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Scalable and exhaustive screening of metabolic functions carried out by microbial consortia
- auteur
- Clémence Frioux, Enora Fremy, Camille Trottier, Anne Siegel
- article
- Bioinformatics, 2018, 34 (17), pp.i934-i943. ⟨10.1093/bioinformatics/bty588⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Traceability, reproducibility and wiki-exploration for “à-la-carte” reconstructions of genome-scale metabolic models
- auteur
- Méziane Aite, Marie Chevallier, Clémence Frioux, Camille Trottier, Jeanne Got, Maria-Paz Cortés, Sebastián N Mendoza, Gregory Carrier, Olivier Dameron, Nicolas Guillaudeux, Mauricio Latorre, Nicolas Loira, Gabriel V Markov, Alejandro Maass, Anne Siegel
- article
- PLoS Computational Biology, 2018, 14 (5), pp.e1006146. ⟨10.1371/journal.pcbi.1006146⟩
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-
- titre
- Computational Discovery of Dynamic Cell Line Specific Boolean Networks from Multiplex Time-Course Data
- auteur
- Misbah Razzaq, Loïc Paulevé, Anne Siegel, Julio Saez-Rodriguez, Jérémie Bourdon, Carito Guziolowski
- article
- PLoS Computational Biology, 2018, 14, pp.1-23. ⟨10.1371/journal.pcbi.1006538⟩
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-
Conference papers
- titre
- Conciliation of medicine systems disease maps and other molecular interaction networks using logical properties of ontology
- auteur
- Vincent J. Henry, Giulia Bassignana, Violetta Zujovic, Fabrizio de Vico Fallani, Olivier Dameron, Ivan Moszer, Olivier Colliot
- article
- Data Integration in the Life Sciences 5DILS 2018), Nov 2018, Hannover, Germany
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-
- titre
- Converting Alzheimer’s disease map into a heavyweight ontology: a formal network to integrate data
- auteur
- Vincent J. Henry, Ivan Moszer, Olivier Dameron, Marie-Claude Potier, Martin Hofmann-Apitius, Olivier Colliot
- article
- DILS 2018 – 13th International Conference on Data Integration in the Life Sciences, Nov 2018, Hannover, Germany. pp.1-9
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-
- titre
- Ontologies biomédicales et Web Sémantique pour la réutilisation des bases de données médico-administratives en pharmaco-épidémiologie
- auteur
- Yann Rivault, Olivier Dameron, Nolwenn Le Meur
- article
- JFO 2018 – 7ème Journées Francophones sur les Ontologies, Nov 2018, Hammamet, Tunisie. pp.1-6
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-
- titre
- KaSa: A Static Analyzer for Kappa
- auteur
- Pierre Boutillier, Ferdinanda Camporesi, Jean Coquet, Jérôme Feret, Kim Quyên Lý, Nathalie Théret, Pierre Vignet
- article
- CMSB 2018 – 16th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2018, Brno, Czech Republic. pp.285-291, ⟨10.1007/978-3-319-99429-1_17⟩
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-
- titre
- Scalable and exhaustive screening of metabolic functions carried out by microbial consortia
- auteur
- Clémence Frioux, Enora Fremy, Camille Trottier, Anne Siegel
- article
- ECCB – 2018 – 17th European Conference on Computational Biology, Sep 2018, Athènes, Greece. pp.i934-i943, ⟨10.1093/bioinformatics/bty588⟩
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-
- titre
- How to measure the topological quality of protein parse trees?
- auteur
- Mateusz Pyzik, François Coste, Witold Dyrka
- article
- ICGI 2018 – 14th International Conference on Grammatical Inference, Sep 2018, Wroclaw, Poland. pp.118 – 138
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-
- titre
- Learning local substitutable context-free languages from positive examples in polynomial time and data by reduction
- auteur
- François Coste, Jacques Nicolas
- article
- ICGI 2018 – 14th International Conference on Grammatical Inference, Sep 2018, Wrocław, Poland. pp.155 – 168
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-
- titre
- Learning Dynamics with Synchronous, Asynchronous and General Semantics
- auteur
- Tony Ribeiro, Maxime Folschette, Morgan Magnin, Olivier Roux, Katsumi Inoue
- article
- 28th International Conference on Inductive Logic Programming, Fabrizio Riguzzi; Elena Bellodi; Riccardo Zese, Sep 2018, Ferrara, Italy. ⟨10.1007/978-3-319-99960-9_8⟩
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-
- titre
- An Answer Set Programming Environment for High-Level Specification and Visualization of FCA
- auteur
- Lucas Bourneuf
- article
- FCA4AI’18 – 6th Workshop «What can FCA do for Artificial Intelligence?», Jul 2018, Stockholm, Sweden. pp.1-12
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-
- titre
- Where the context-free grammar meets the contact map: a probabilistic model of protein sequences aware of contacts between amino acids
- auteur
- Witold Dyrka, François Coste, Hugo Talibart
- article
- ISMB 2018 – 3DSIG: Structural Bioinformatics and Computational Biophysics, Jul 2018, Chicago, United States
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-
- titre
- queryMed : enrichissement des données de recherche en pharmaco-épidémiologie
- auteur
- Yann Rivault, Olivier Dameron, Nolwenn Le Meur
- article
- Septièmes rencontres R, Jul 2018, Rennes, France. pp.1-2
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-
- titre
- Integrating ontological representation and reasoning into a disease map: application to Alzheimer’s disease
- auteur
- Vincent J. Henry, Ivan Moszer, Olivier Dameron, Marie-Claude Potier, Martin Hofmann-Apitius, Olivier Colliot
- article
- DMCM 2018 – 3rd Disease Maps Community Meeting, Jun 2018, Paris, France. pp.1-2
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-
- titre
- Ontologie ATOL : amélioration de l’outil par l’intégration des caractères de santé
- auteur
- Jérémy Yon, Nathalie Bareille, Bertrand Bed’Hom, Xavier Berthelot, Sylvie Combes, Olivier Dameron, Gilles Foucras, Alexandre Journaux, Frédéric Launay, Pierre-Yves Le Bail, Nathalie Le Floc’H, Mélanie Martignon, Claire Nédellec, Marie-Hélène Pinard-van Der Laan, Edwige Quillet, Marie-Christine Meunier-Salaün
- article
- Journées d’Animation Scientifique du département Phase (JAS Phase 2018), Apr 2018, Rennes, France
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-
Book sections
- titre
- Inductive Learning from State Transitions over Continuous Domains
- auteur
- Tony Ribeiro, Sophie Tourret, Maxime Folschette, Morgan Magnin, Domenico Borzacchiello, Francisco Chinesta, Olivier Roux, Katsumi Inoue
- article
- 27th International Conference on Inductive Logic Programming, LNCS, volume 10759, Springer, Cham, pp.124-139, 2018, Inductive Logic Programming, ⟨10.1007/978-3-319-78090-0_9⟩
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-
Master thesis
- titre
- Prédiction de transcriptome : analyse comparative multi-gènes, orthologues
- auteur
- Nicolas Guillaudeux
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. 2018
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-
Poster communications
- titre
- CARNAC-LR: De novo Clustering of Gene Expressed Variants in Transcriptomic Long Reads Data Sets
- auteur
- Camille Marchet, Lolita Lecompte, Corinne da Silva, Corinne Cruaud, Jean-Marc Aury, Jacques Nicolas, Pierre Peterlongo
- article
- RECOMB-seq 2018 – Eighth RECOMB Satellite Workshop on Massively Parallel Sequencing, Apr 2018, Paris, France. pp.1-2
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-
Theses
- titre
- Investigating host-microbiota cooperation with gap-filling optimization problems
- auteur
- Clémence Frioux
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2018. English. ⟨NNT : 2018REN1S058⟩
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-
2017
Journal articles
- titre
- Analysis of Piscirickettsia salmonis Metabolism Using Genome-Scale Reconstruction, Modeling, and Testing
- auteur
- Maria-Paz Cortés, Sebastián N. Mendoza, Dante Travisany, Alexis Gaete, Anne Siegel, Veronica Cambiazo, Alejandro Maass
- article
- Frontiers in Microbiology, 2017, 8, pp.15. ⟨10.3389/fmicb.2017.02462⟩
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-
- titre
- A Logic for Checking the Probabilistic Steady-State Properties of Reaction Networks
- auteur
- Vincent Picard, Anne Siegel, Jérémie Bourdon
- article
- Journal of Computational Biology, 2017, 24 (8), pp.1–12. ⟨10.1089/cmb.2017.0099⟩
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-
- titre
- Meneco, a Topology-Based Gap-Filling Tool Applicable to Degraded Genome-Wide Metabolic Networks
- auteur
- Sylvain Prigent, Clémence Frioux, Simon M Dittami, Sven Thiele, Abdelhalim Larhlimi, Guillaume Collet, Gutknecht Fabien, Jeanne Got, Damien Eveillard, Jérémie Bourdon, Frédéric Plewniak, Thierry Tonon, Anne Siegel
- article
- PLoS Computational Biology, 2017, 13 (1), pp.32. ⟨10.1371/journal.pcbi.1005276⟩
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-
- titre
- Combining graph and flux-based structures to decipher phenotypic essential metabolites within metabolic networks
- auteur
- Julie Laniau, Clémence Frioux, Jacques Nicolas, Caroline Baroukh, Maria-Paz Cortés, Jeanne Got, Camille Trottier, Damien Eveillard, Anne Siegel
- article
- PeerJ, 2017, 5, pp.e3860. ⟨10.7717/peerj.3860⟩
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-
- titre
- A transcriptome multi-tissue analysis identifies biological pathways and genes associated with variations in feed efficiency of growing pigs
- auteur
- Florence Gondret, Annie Vincent, Magalie Houée-Bigot, Anne Siegel, Sandrine Lagarrigue, David Causeur, Hélène Gilbert, Isabelle Louveau
- article
- BMC Genomics, 2017, 18 (1), pp.244. ⟨10.1186/s12864-017-3639-0⟩
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-
- titre
- A modeling approach to evaluate the balance between bioactivation and detoxification of MeIQx in human hepatocytes
- auteur
- Victorien Delannée, Sophie Langouët, Nathalie Théret, Anne Siegel
- article
- PeerJ, 2017, 5, pp.e3703. ⟨10.7717/peerj.3703⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- caspo: a toolbox for automated reasoning on the response of logical signaling networks families
- auteur
- Santiago Videla, Julio Saez-Rodriguez, Carito Guziolowski, Anne Siegel
- article
- Bioinformatics, 2017, ⟨10.1093/bioinformatics/btw738⟩
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-
Conference papers
- titre
- Identifying Functional Families of Trajectories in Biological Pathways by Soft Clustering: Application to TGF-β Signaling
- auteur
- Jean Coquet, Nathalie Théret, Vincent Legagneux, Olivier Dameron
- article
- CMSB 2017 – 15th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2017, Darmstadt, France. pp.17
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Toward the study of metabolic functions in algal holobionts
- auteur
- Claire Lippold, Camille Trottier, Clémence Frioux, Marie Chevallier, Simon M Dittami, Anne Siegel
- article
- 4ème Colloque de Génomique Environnementale, Sep 2017, Marseille, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Toward a better understanding of the plant microbiota
- auteur
- Victoria Potdevin, Marie Chevallier, Ruben Garrido Oter, Anne Siegel, Stéphane Hacquard, Damien Eveillard, Philippe Vandenkoornhuyse
- article
- 4ème colloque de Génomique Environnementale, GDR Génomique Environnementale, Sep 2017, Marseille, France
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-
- titre
- AskOmics, a web tool to integrate and query biological data using semantic web technologies
- auteur
- Xavier Garnier, Anthony Bretaudeau, Olivier Filangi, Fabrice Legeai, Anne Siegel, Olivier Dameron
- article
- JOBIM 2017 – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France. pp.1
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-
- titre
- Hybrid Metabolic Network Completion
- auteur
- Clémence Frioux, Torsten Schaub, Sebastian Schellhorn, Anne Siegel, Philipp Wanko
- article
- 14th International Conference on Logic Programming and Nonmonotonic Reasoning – LPNMR 2017, Jul 2017, Espoo, Finland. pp.308-321
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Integration of Linked Data into Galaxy using Askomics
- auteur
- Xavier Garnier, Olivier Dameron, Olivier Filangi, Fabrice Legeai, Anthony Bretaudeau
- article
- Galaxy Community Conference, Jun 2017, Montpellier, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- A Similarity Measure Based on Care Trajectories as Sequences of Sets
- auteur
- Yann Rivault, Nolwenn Le Meur, Olivier Dameron
- article
- AIME 2017 – Conference on Artificial Intelligence in Medicine in Europe, Annette ten Teije; Christian Popow; John H. Holmes; Lucia Sacchi, Jun 2017, Vienna, Austria. pp.278-282, ⟨10.1007/978-3-319-59758-4_32⟩
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-
- titre
- FCA in a Logical Programming Setting for Visualization-oriented Graph Compression
- auteur
- Lucas Bourneuf, Jacques Nicolas
- article
- International Conference on Formal Concept Analysis 2017, Jun 2017, Rennes, France. ⟨10.1007/978-3-319-59271-8_6⟩
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-
- titre
- Integrative genomics and gene networks for studying phenotypic plasticity in the pea aphid
- auteur
- Valentin Wucher, Fabrice Legeai, Lucas Bourneuf, Thomas Derrien, Aurore Gallot, Sylvie Hudaverdian, Stéphanie Jaubert-Possamai, Nathalie Leterme-Prunier, Jacques Nicolas, Hervé Seitz, Anne Siegel, Sylvie Tanguy, Gaël Le Trionnaire, Denis Tagu
- article
- 10th Arthropod Genomics Symposium, Jun 2017, Notre Dame, United States
- Accès au bibtex
-
- titre
- Interoperable infrastructure and implementation of a health data model for remote monitoring of chronic diseases with comorbidities
- auteur
- Philippe Finet, Bernard Gibaud, Olivier Dameron, Régine Le Bouquin Jeannes
- article
- Journées d’Etude sur la TéléSANté, 6ème edition, Pôle Capteurs, Université d’Orléans, May 2017, Bourges, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Book sections
- titre
- L’écologie des systèmes
- auteur
- Damien Eveillard, Anne Siegel, Philippe Vandenkoornhuyse
- article
- Mokrane Bouzeghoub et Rémy Mosseri. Les Big Data à Découvert, CNRS éditions, 2017, 978-2-271-11464-8
- Accès au bibtex
-
Master thesis
- titre
- Better scoring schemes for the recognition of functional proteins by protomata
- auteur
- Manon Ruffini
- article
- Quantitative Methods [q-bio.QM]. 2017
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Validations of the whole metabolic network of Tisochrysis lutea
- auteur
- Nicolas Guillaudeux
- article
- Informatique [cs]. 2017
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Poster communications
- titre
- Mesures de similarité entre trajectoires de soins issues de bases de données médico-administratives
- auteur
- Yann Rivault, Nolwenn Le Meur, Olivier Dameron
- article
- 8 èmes rencontres scientifiques du réseau doctoral en santé publique, Mar 2017, Rennes, France. pp.1
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Theses
- titre
- Comprehensive study of large signaling pathways by clustering trajectories and characterization by semantic analysis
- auteur
- Jean Coquet
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2017. Français. ⟨NNT : 2017REN1S073⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Integrate molecular and cellular scales in the inference of metabolic networks : application to xenobiotics
- auteur
- Victorien Delannée
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2017. Français. ⟨NNT : 2017REN1S058⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Biological networks structure : role of internal nodes regarding production of target elements
- auteur
- Julie Laniau
- article
- Recherche opérationnelle [math.OC]. Inria Rennes – Bretagne Atlantique, 2017. Français. ⟨NNT : ⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- Detection of mutated primers and impact on targeted metagenomics results
- auteur
- Aymeric Antoine-Lorquin, Frédéric Mahé, Micah Dunthorn, Catherine Belleannée
- article
- 2017
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- First landscape of binding to chromosomes for a domesticated mariner transposase in the human genome: diversity of genomic targets of SETMAR isoforms in two colorectal cell lines
- auteur
- Aymeric Antoine-Lorquin, Ahmed Arnaoty, Sassan Asgari, Martine Batailler, Linda Beauclair, Catherine Belleannée, Solenne Bire, Nicolas Buisine, Vincent Coustham, Alban Girault, Serge Guyetant, Thierry Lecomte, Benoit Piegu, Bruno Pitard, Isabelle Stévant, Yves Bigot
- article
- 2017
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2016
Journal articles
- titre
- The smell of us – crowdsourcing human body odor evaluation
- auteur
- Marguerite Benony, Marianne Cardon, Arnaud Ferré, Jean Coquet, Nathan Foulquier, Florian Thonier, Lucas Le Lann, Henry de Belly, Alexandre Evans, Aakriti Jain, Juan Manuel García Arcos, Jason Bland, Ian Marcus, Ariel B Lindner, Edwin H Wintermute
- article
- Human Computation – A Transdisciplinary Journal, 2016, 3 (1), pp.161-197. ⟨10.15346/hc.v3i1.9⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Molecular alterations induced by a high-fat high-fiber diet in porcine adipose tissues: variations according to the anatomical fat location
- auteur
- Florence Gondret, Annie Vincent, Magalie Houée-Bigot, Anne Siegel, Sandrine Lagarrigue, David Causeur, Isabelle Louveau
- article
- BMC Genomics, 2016, 17 (1), pp.120. ⟨10.1186/s12864-016-2438-3⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Geometric analysis of pathways dynamics: application to versatility of TGF-β receptors
- auteur
- Satya Swarup Samal, Aurélien Naldi, Dima Grigoriev, Andreas Weber, Nathalie Théret, Ovidiu Radulescu
- article
- BioSystems, 2016, 149, pp.3-14. ⟨10.1016/j.biosystems.2016.07.004⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- TGF-β signaling intersects with CD103 integrin signaling to promote T lymphocyte accumulation and antitumor activity in the lung tumor microenvironment
- auteur
- Marie Boutet, Ludiane Gauthier, Marine Leclerc, Gwendoline Gros, Vincent de Montpreville, Nathalie Théret, Emmanuel Donnadieu, Fathia Mami-Chouaib
- article
- Cancer Research, 2016, 76 (7), pp.1757-69. ⟨10.1158/0008-5472.CAN-15-1545⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Relevance of health level 7 clinical document architecture and integrating the healthcare enterprise cross-enterprise document sharing profile for managing chronic wounds in a telemedicine context
- auteur
- Philippe Finet, Olivier Dameron, B Gibaud, R. Lebouquin Jeannes
- article
- Healthcare Technology Letters, 2016, 3 (1), pp.22-26. ⟨10.1049/htl.2015.0053⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Personalized and automated remote monitoring of atrial fibrillation
- auteur
- Arnaud Rosier, Philippe Mabo, Lynda Temal, Pascal van Hille, Olivier Dameron, Louise Deléger, Cyril Grouin, Pierre Zweigenbaum, Julie Jacques, Emmanuel Chazard, Laure Laporte, Christine Henry, Anita Burgun
- article
- EP-Europace, 2016, 18 (3), pp.347-352. ⟨10.1093/europace/euv234⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Deciphering transcriptional regulations coordinating the response to environmental changes
- auteur
- Vicente Acuña, Andrés Aravena, Carito Guziolowski, Damien Eveillard, Anne Siegel, Alejandro Maass
- article
- BMC Bioinformatics, 2016, 17 (1), pp.129-42. ⟨10.1186/s12859-016-0885-0⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- VIRALpro: a tool to identify viral capsid and tail sequences
- auteur
- Clovis Galiez, Magnan Christophe, François Coste, Pierre Baldi
- article
- Bioinformatics, 2016, ⟨10.1093/bioinformatics/btv727⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Modelling of metabolic flexibility: toward a better understanding of animal adaptive capacities
- auteur
- Masoomeh Taghipoor, Sophie Lemosquet, Jaap J. van Milgen, Anne Siegel, Daniel Sauvant, Florence Gondret
- article
- INRA Productions Animales, 2016, 29 (3), pp.201-216. ⟨10.20870/productions-animales.2016.29.3.2960⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Putative bacterial interactions from metagenomic knowledge with an integrative systems ecology approach
- auteur
- Philippe Bordron, Mauricio Latorre, Maria-Paz Cortés, Mauricio Gonzales, Sven Thiele, Anne Siegel, Alejandro Maass, Damien Eveillard
- article
- MicrobiologyOpen, 2016, 5 (1), pp.106-117. ⟨10.1002/mbo3.315⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Model of the delayed translation of cyclin B maternal mRNA after sea urchin fertilization
- auteur
- Vincent Picard, Odile Mulner-Lorillon, Jérémie Bourdon, Julia Morales, Patrick Cormier, Anne Siegel, Robert Bellé
- article
- Molecular Reproduction and Development, 2016, ⟨10.1002/mrd.22746⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Boolean Network Identification from Perturbation Time Series Data combining Dynamics Abstraction and Logic Programming
- auteur
- Max Ostrowski, Loïc Paulevé, Torsten Schaub, Anne Siegel, Carito Guziolowski
- article
- BioSystems, 2016, ⟨10.1016/j.biosystems.2016.07.009⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A combinatorial approach to products of Pisot substitutions
- auteur
- Valérie Berthé, Jérémie Bourdon, Timo Jolivet, Anne Siegel
- article
- Ergodic Theory and Dynamical Systems, 2016, 36 (6), pp.1757-1794. ⟨10.1017/etds.2014.141⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Remote Monitoring of Cardiac Implantable Devices: Ontology Driven Classification of the Alerts
- auteur
- Arnaud Rosier, Philippe Mabo, Lynda Temal, Pascal van Hille, Olivier Dameron, Louise Deléger, Cyril Grouin, Pierre Zweigenbaum, Julie Jacques, Emmanuel Chazard, Laure Laporte, Christine Henry, Anita Burgun
- article
- Studies in Health Technology and Informatics, 2016, 221, pp.59–63. ⟨10.3233/978-1-61499-633-0-59⟩
- Accès au bibtex
-
Conference papers
- titre
- PEPS: a platform for supporting studies in pharmaco-epidemiology using medico-administrative databases
- auteur
- Frédéric Balusson, Marie-Anne Botrel, Olivier Dameron, Yann Dauxais, Erwan Drezen, Alain Dupuy, Thomas Guyet, David Gross-Amblard, André Happe, Nolwenn Le Meur, Béranger Le Nautout, Emmanuelle Leray, Emmanuel Nowak, Caroline Rault, Emmanuel Oger, Elisabeth Polard
- article
- International Congress on e-Health Research, Oct 2016, Paris, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- A refined parsing graph approach to learn smaller contextually substitutable grammars with less data
- auteur
- François Coste, Mikail Demirdelen
- article
- ICGI 2016 – 13th International Conference on Grammatical Inference, Oct 2016, Delft, Netherlands
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- How to measure the topological quality of protein grammars?
- auteur
- Witold Dyrka, François Coste, Olgierd Unold, Lukasz Culer, Agnieszka Kaczmarek
- article
- ICGI 2016 – 13th International Conference on Grammatical Inference, Oct 2016, Delft, Netherlands
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- BIPAA/Askomics, a new and easy approach for querying genomics and epigenomics elements in interaction
- auteur
- Fabrice Legeai, Charles Bettembourg, Anthony Bretaudeau, Yvanne Chaussin, Olivier Dameron, Denis Tagu
- article
- XXVth International Congress of Entomology 2016, Sep 2016, Orlando, Florida, United States
- Accès au bibtex
-
- titre
- Complications post-opératoires et mode de prise en charge en angioplastie : apport du Programme de Médicalisation des Systèmes d’Information (PMSI)
- auteur
- Yann Rivault, Nolwenn Le Meur, Olivier Dameron
- article
- Congrès Adelf-Epiter 2016, Sep 2016, Rennes, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Detection of mutated primers and impact on targeted metagenomics results
- auteur
- Aymeric Antoine-Lorquin, Frédéric Mahé, Micah Dunthorn, Catherine Belleannée
- article
- RCAM’16 “Recent Computational Advances in Metagenomics”, Sep 2016, The Hague, Netherlands
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- An application suite based on the IFB Container as a Service platform
- auteur
- François Moreews, Olivier Sallou, Olivier Collin
- article
- ECCB 2016 (Elixir Talks) , ISCB, Sep 2016, Den Haag, Netherlands
- Accès au bibtex
-
- titre
- Packing graphs with ASP for landscape simulation
- auteur
- Thomas Guyet, Yves Moinard, Jacques Nicolas, René Quiniou
- article
- IJCAI 2016 – 25th International joint conference on artificial intelligence , Jul 2016, New-york, United States. pp.8
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Impact de la recherche d’amorces mutées sur les résultats d’analyses métagénomiques
- auteur
- Aymeric Antoine-Lorquin, Frédéric Mahé, Micah Dunthorn, Catherine Belleannée
- article
- Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Société Française de Bioinformatique (SFBI), Jun 2016, Rennes, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Handling the heterogeneity of genomic and metabolic networks data within flexible workflows with the PADMet toolbox
- auteur
- Marie Chevallier, Méziane Aite, Jeanne Got, Guillaume Collet, Nicolas Loira, Maria-Paz Cortés, Clémence Frioux, Julie Laniau, Camille Trottier, Alejandro Maass, Anne Siegel
- article
- Jobim 2016 : 17ème Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2016, Lyon, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- The probiotic [i]Propionibacterium freudenreichii[/i] as a new adjuvant for TRAIL-based therapy in colorectal cancer
- auteur
- Fabien Cousin, Sandrine Jouan-Lanhouet, Nathalie Théret, Catherine Brenner, Elodie Jouan, Gwenaëlle Le Moigne-Muller, Marie-Thérèse Dimanche-Boitrel, Gwénaël Jan
- article
- International Scientific Conference on Probiotics and Prebiotics – IPC2016, Jun 2016, Budapest, Hungary
- Accès au bibtex
-
- titre
- La gestion de données médico-administratives grâce aux outils du Web sémantique
- auteur
- Yann Rivault, Olivier Dameron, Nolwenn Le Meur
- article
- Journées ADELF-EMOIS « Système d’information hospitalier et Epidémiologie », Mar 2016, Dijon, France. pp.S15, ⟨10.1016/j.respe.2016.01.051⟩
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-
- titre
- A system biology loop for the identification of boolean networks to model signaling networks.
- auteur
- Anne Siegel
- article
- European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, 2016, Nottingham, France
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-
Book sections
- titre
- Learning the Language of Biological Sequences
- auteur
- François Coste
- article
- Jeffrey Heinz; José M. Sempere. Topics in Grammatical Inference, Springer-Verlag, 2016, 978-3-662-48393-0. ⟨10.1007/978-3-662-48395-4_8⟩
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-
Habilitation à diriger des recherches
- titre
- Ontology-based methods for analyzing life science data
- auteur
- Olivier Dameron
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Univ. Rennes 1, 2016
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-
Master thesis
- titre
- Apprentissage profond et acquisition de représentations latentes de séquences peptidiques
- auteur
- Sun Rémy
- article
- Apprentissage [cs.LG]. 2016
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-
- titre
- Fast parser for biological sequences and a new algorithm for the inference of substitutable languages
- auteur
- Mikaïl Demirdelen
- article
- Machine Learning [cs.LG]. 2016
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-
Poster communications
- titre
- Comparative genomic analysis of Clubroot resistance in the Brassicaceae family
- auteur
- Aurélie Evrard, Charles Bettembourg, Olivier Dameron, Olivier Filangi, Anthony Bretaudeau, Fabrice F. Legeai, Régine Delourme, Maria M. Manzanares-Dauleux, Mélanie Jubault
- article
- Brassica2016, Oct 2016, Melbourne, Australia.
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-
- titre
- The probiotic [i]Propionibacteriumfreudenreichii[/i] as a new adjuvant for TRAIL-based therapy in colorectal cancer
- auteur
- Fabien Cousin, Sandrine Jouan-Lanhouet, Nathalie Théret, Catherine Brenner, Elodie Jouan, Gwenaëlle Le Moigne-Muller, Marie-Thérèse Dimanche-Boitrel
- article
- 4 International Symposium on Propionibacteria and Bibfidobacteria, Sep 2016, Cork, Ireland. , 2016
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-
- titre
- Integration and query of biological datasets with Semantic Web technologies: AskOmics
- auteur
- Aurélie Evrard, Charles Bettembourg, Mélanie Jubault, Olivier Dameron, Olivier Filangi, Anthony Bretaudeau, Fabrice F. Legeai
- article
- Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM 2016), Jun 2016, Lyon, France
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-
Theses
- titre
- Interest of grammatical models for pattern matching in genomic sequences
- auteur
- Aymeric Antoine-Lorquin
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2016. Français. ⟨NNT : 2016REN1S086⟩
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-
2015
Journal articles
- titre
- Learning Boolean logic models of signaling networks with ASP
- auteur
- Santiago Videla, Carito Guziolowski, Federica Eduati, Sven Thiele, Martin Gebser, Jacques Nicolas, Julio Saez-Rodriguez, Torsten Schaub, Anne Siegel
- article
- Theoretical Computer Science, 2015, 599, pp.79-101. ⟨10.1016/j.tcs.2014.06.022⟩
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-
- titre
- Designing experiments to discriminate families of logic models
- auteur
- Santiago Videla, Irina Konokotina, Leonidas Alexopoulos, Julio Saez-Rodriguez, Torsten Schaub, Anne Siegel, Carito Guziolowski
- article
- Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, 2015, pp.9. ⟨10.3389/fbioe.2015.00131⟩
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-
- titre
- Amplitude spectrum distance: measuring the global shape divergence of protein fragments
- auteur
- Clovis Galiez, François Coste
- article
- BMC Bioinformatics, 2015, 16 (1), pp.16. ⟨10.1186/s12859-015-0693-y⟩
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-
- titre
- Extended notions of sign consistency to relate experimental data to signaling and regulatory network topologies
- auteur
- Sven Thiele, Julio Saez-Rodriguez, Luca Cerone, A Siegel, Carito Guziolowski, Steffen Klamt
- article
- BMC Bioinformatics, 2015, 16, pp.345. ⟨10.1186/s12859-015-0733-7⟩
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-
- titre
- Optimal Threshold Determination for Interpreting Semantic Similarity and Particularity: Application to the Comparison of Gene Sets and Metabolic Pathways Using GO and ChEBI
- auteur
- Charles Bettembourg, Christian Diot, Olivier Dameron
- article
- PLoS ONE, 2015, 10 (7), pp.30. ⟨10.1371/journal.pone.0133579⟩
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-
- titre
- Multivariate Normal Approximation for the Stochastic Simulation Algorithm: Limit Theorem and Applications
- auteur
- Vincent Picard, Anne Siegel, Jérémie Bourdon
- article
- Electronic Notes in Theoretical Computer Science, 2015, 316C, pp.67-82. ⟨10.1016/j.entcs.2015.06.011⟩
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-
Conference papers
- titre
- From formal concepts to analogical complexes
- auteur
- Laurent Miclet, Jacques Nicolas
- article
- CLA 2015, LIMOS, CNRS et Université Blaise Pascal, Oct 2015, Clermont-Ferrand, France. pp.12
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-
- titre
- Boolean Network Identification from Multiplex Time Series Data
- auteur
- Max Ostrowski, Loïc Paulevé, Torsten Schaub, Anne Siegel, Carito Guziolowski
- article
- CMSB 2015 – 13th conference on Computational Methods for Systems Biology, Sep 2015, Nantes, France. pp.170-181, ⟨10.1007/978-3-319-23401-4_15⟩
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-
- titre
- Structural conservation of remote homologues: better and further in contact fragments
- auteur
- Clovis Galiez, François Coste
- article
- 3DSIG: Structural Bioinformatics and Computational Biophysics, Jul 2015, Dublin, France
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-
- titre
- Comparison of the targets obtained by a scoring matrix and by a regular expression. Application to the search for LXR binding sites
- auteur
- Aymeric Antoine-Lorquin, Sandrine Lagarrigue, Frédéric Lecerf, Jacques Nicolas, Catherine Belleannée
- article
- JOBIM 2015- 16e Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France
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-
- titre
- Une infrastructure générique basée sur les apports du Web Sémantique pour l’analyse des bases médico-administratives
- auteur
- Yann Rivault, Olivier Dameron, Nolwenn Le Meur
- article
- Plate-forme Intelligence Artificielle 2015, conférence Ingénierie des Connaissances, Jun 2015, Rennes, France
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-
- titre
- AskOmics : Intégration et interrogation de réseaux de régulation génomique et post-génomique
- auteur
- Charles Bettembourg, Olivier Dameron, Anthony Bretaudeau, Fabrice Legeai
- article
- IN OVIVE (INtégration de sources/masses de données hétérogènes et Ontologies, dans le domaine des sciences du VIVant et de l’Environnement), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (INRIA). Rennes, FRA., Jun 2015, Rennes, France. pp.7
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-
- titre
- Data integration
- auteur
- Florence Gondret, Isabelle Louveau, Magalie Houee, David Causeur, Anne Siegel
- article
- Meeting INRA-ISU, Mar 2015, Ames, United States. 11 diapositives
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-
- titre
- Decidability Problems for Self-induced Systems Generated by a Substitution
- auteur
- Timo Jolivet, Anne Siegel
- article
- MCU 2015 : Machines, Computation and Universality, 2015, Famagusta, Cyprus. ⟨10.1007/978-3-319-23111-2⟩
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-
- titre
- A Logic for Checking the Probabilistic Steady-State Properties of Reaction Networks
- auteur
- Vincent Picard, Anne Siegel, Jérémie Bourdon
- article
- IJCAI workshop BAI: Bioinformatics and Artificial Intelligence, 2015, Buenos Aeres, Argentina
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-
Book sections
- titre
- Finding and Characterizing Repeats in Plant Genomes
- auteur
- Jacques Nicolas, Pierre Peterlongo, Sébastien Tempel
- article
- David Edwards. Plant Bioinformatics: Methods and Protocols, 1374, Humana Press – Springer Science+Business Media, pp.365, 2015, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-3166-8. ⟨10.1007/978-1-4939-3167-5_17⟩
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-
- titre
- Finding Optimal Discretization Orders for Molecular Distance Geometry by Answer Set Programming
- auteur
- Douglas S. Gonçalves, Jacques Nicolas, Antonio Mucherino, Carlile Lavor
- article
- S. Fidanova. Studies in Computational Intelligence, 610, Springer, pp.1-15, 2015, Recent Advances in Computational Optimization
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-
- titre
- On the Pisot Substitution Conjecture
- auteur
- S Akiyama, M Barge, V Berthé, J.-y Lee, A Siegel
- article
- Mathematics of Aperiodic Order, 309, Springer, pp.33-72, 2015, Progress in mathematics, 978-3-0348-0903-0. ⟨10.1007/978-3-0348-0903-0_2⟩
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-
Master thesis
- titre
- Caractérisation en séquence et en structure des protéines virales
- auteur
- Maud Jusot
- article
- Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. 2015
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-
Poster communications
- titre
- Topological and semantic Web based method for analyzing TGF-β signaling pathways
- auteur
- Jean Coquet, Geoffroy Andrieux, Jacques Nicolas, Olivier Dameron, Nathalie Théret
- article
- JOBIM 2015, Dec 2015, Clermont-Ferrand, France. JOBIM : Journées Ouvertes en Biologie, Informatique & Mathématiques, 2015
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-
- titre
- Workflow4Metabolomics: A collaborative research infrastructure for computational metabolomics
- auteur
- Mélanie Pétéra, Gildas Le Corguille, Marion Landi, Misharl Monsoor, Marie Tremblay-Franco, Jean-Francois Martin, Christophe Duperier, Daniel Jacob, Yann Guitton, Marie Lefebvre, Estelle Pujos-Guillot, Franck Giacomoni, Etienne Thévenot, Christophe Caron
- article
- JOBIM 2015 (16e édition des Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques ), Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. , 2015, JOBIM (16e édition des Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques ). ⟨10.1093/bioinformatics/btu813⟩
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-
- titre
- Integrative responses of pig adipose tissues to high-fat high-fiber diet: towards key regulators of energy flexibility
- auteur
- Florence Gondret, Annie Vincent, Magalie Houee, Sandrine Lagarrigue, Anne Siegel, David Causeur, Isabelle Louveau
- article
- ASAS/ADSA midwest meeting, Mar 2015, Des Moines, United States. Journal of Animal Science, 93 (Suppl. 2), 2015, Abstract book of the ASAS/ADSA midwest meeting
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-
Theses
- titre
- Reaction networks : from probabilistic analysis to refutation
- auteur
- Vincent Picard
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2015. Français. ⟨NNT : 2015REN1S093⟩
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-
- titre
- Structural fragments : comparison, predictability from the sequence and application to the identification of viral structural proteins
- auteur
- Clovis Galiez
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2015. Français. ⟨NNT : 2015REN1S124⟩
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-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- Combinatorial optimization methods to complete and analyse a metabolic network
- auteur
- Julie Laniau, Anne Siegel, Damien Eveillard
- article
- 2015
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-
2014
Journal articles
- titre
- The genome-scale metabolic network of Ectocarpus siliculosus (EctoGEM): a resource to study brown algal physiology and beyond.
- auteur
- Sylvain Prigent, Guillaume Collet, Simon M Dittami, Ludovic Delage, Floriane Ethis de Corny, Olivier Dameron, Damien Eveillard, Sven Thiele, Jeanne Cambefort, Catherine Boyen, Anne Siegel, Thierry Tonon
- article
- The Plant Journal, 2014, 80 (2), pp.367-381. ⟨10.1111/tpj.12627⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- La bioinformatique avec Biopython
- auteur
- Olivier Dameron, Gregory Farrant
- article
- GNU/Linux Magazine, 2014, pp.13
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-
- titre
- The longissimus and semimembranosus muscles display marked differences in their gene expression profiles in pig.
- auteur
- Frederic Herault, Annie Vincent, Olivier Dameron, Pascale Le Roy, Pierre Cherel, Marie Damon
- article
- PLoS ONE, 2014, 9 (5), pp.e96491. ⟨10.1371/journal.pone.0096491⟩
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-
- titre
- Using a large-scale knowledge database on reactions and regulations to propose key upstream regulators of various sets of molecules participating in cell metabolism
- auteur
- Pierre Blavy, Florence Gondret, Sandrine Lagarrigue, Jaap J. van Milgen, Anne Siegel
- article
- BMC Systems Biology, 2014, 8 (1), pp.32. ⟨10.1186/1752-0509-8-32⟩
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-
- titre
- Modelization of the regulation of protein synthesis following fertilization in sea urchin shows requirement of two processes: a destabilization of eIF4E:4E-BP complex and a great stimulation of the 4E-BP-degradation mechanism, both rapamycin-sensitive
- auteur
- Sébastien Laurent, Adrien Richard, Odile Mulner-Lorillon, Julia Morales, Didier Flament, Virginie Glippa, Jérémie Bourdon, Pauline Gosselin, Anne Siegel, Patrick Cormier, Robert Bellé
- article
- Frontiers in Genetics, 2014, 5, pp.117. ⟨10.3389/fgene.2014.00117⟩
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-
- titre
- Semantic particularity measure for functional characterization of gene sets using gene ontology
- auteur
- Charles Bettembourg, Christian Diot, Olivier Dameron
- article
- PLoS ONE, 2014, 9 (1), pp.e86525. ⟨10.1371/journal.pone.0086525⟩
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-
- titre
- Genome and metabolic network of “Candidatus Phaeomarinobacter ectocarpi” Ec32, a new candidate genus of Alphaproteobacteria frequently associated with brown algae
- auteur
- Simon M Dittami, Tristan Barbeyron, Catherine Boyen, Jeanne Cambefort, Guillaume Collet, Ludovic Delage, A. Gobet, Agnès Groisillier, Catherine Leblanc, Gurvan Michel, Delphine Scornet, Anne Siegel, Javier E. Tapia, Thierry Tonon
- article
- Frontiers in Genetics, 2014, 5, pp.241. ⟨10.3389/fgene.2014.00241⟩
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-
- titre
- An integrative modeling framework reveals plasticity of TGF-β signaling.
- auteur
- Geoffroy Andrieux, Michel Le Borgne, Nathalie Théret
- article
- BMC Systems Biology, 2014, 8 (1), pp.30. ⟨10.1186/1752-0509-8-30⟩
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-
- titre
- Exploring metabolism flexibility in complex organisms through quantitative study of precursor sets for system outputs
- auteur
- Oumarou Abdou-Arbi, Sophie Lemosquet, Jaap J. van Milgen, Anne Siegel, Jérémie Bourdon
- article
- BMC Systems Biology, 2014, 8 (1), pp.8. ⟨10.1186/1752-0509-8-8⟩
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-
- titre
- Le langage des molécules du vivant
- auteur
- Jacques Nicolas, Catherine Belleannée, François Coste
- article
- Bibliothèque Tangente, 2014, 52, pp.8
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-
- titre
- Connectedness of fractals associated with Arnoux–Rauzy substitutions
- auteur
- Valérie Berthé, Timo Jolivet, Anne Siegel
- article
- RAIRO – Theoretical Informatics and Applications (RAIRO: ITA), 2014, 48 (3), pp.249-266. ⟨10.1051/ita/2014008⟩
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-
- titre
- Un langage de référence pour le phénotypage des animaux d’élevage : l’ontologie ATOL
- auteur
- Pierre-Yves Le Bail, Jérôme Bugeon, Olivier Dameron, Alice Fatet, Wiktoria Golik, Jean-François J.-F. Hocquette, Catherine Hurtaud, Isabelle Hue, Catherine Jondreville, Léa Joret, Marie-Christine Meunier-Salaün, Jean Vernet, Claire Nédellec, Matthieu Matthieu.Reichstadt@inrae.Fr Reichstadt, Philippe Chemineau
- article
- INRA Productions Animales, 2014, 27 (3), pp.195-208. ⟨10.20870/productions-animales.2014.27.3.3067⟩
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-
Conference papers
- titre
- COMMET: comparing and combining multiple metagenomic datasets
- auteur
- Nicolas Maillet, Guillaume Collet, Thomas Vannier, Dominique Lavenier, Pierre Peterlongo
- article
- IEEE BIBM 2014, Nov 2014, Belfast, United Kingdom
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A bottom-up efficient algorithm learning substitutable languages from positive examples
- auteur
- François Coste, Gaelle Garet, Jacques Nicolas
- article
- ICGI (International Conference on Grammatical Inference), Sep 2014, Kyoto, Japan. pp.49–63
- Accès au bibtex
-
- titre
- Computational Protein Design: trying an Answer Set Programming approach to solve the problem
- auteur
- Hugo Bazille, Jacques Nicolas
- article
- 10th Workshop on Constraint-Based Methods for Bioinformatics (WCB’14), Nicos Angelopoulos (Imperial College, UK) Simon de Givry (MIAT-INRA, France), Sep 2014, Lyon, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Identifying distant homologous viral sequences in metagenomes using protein structure information
- auteur
- Martine Boccara, Mathilde Carpentier, Jacques Chomilier, François Coste, Clovis Galiez, Joël Pothier, Alaguraj Veluchamy
- article
- ECCB’14 Workshop on Recent Computational Advances in Metagenomics, Sep 2014, Strasbourg, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Improving robustness in the study of logical model of signalling networks with answer set programming
- auteur
- Anne Siegel, Carito Guziolowski, Santiago Videla, Torsten Schaub
- article
- ECCB 2014 – Workshop on Logical Modelling and Analysis of Cellular Networks, Sep 2014, Strasbourg, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- From analogical proportions in lattices to proportional analogies in formal concepts
- auteur
- Laurent Miclet, Nelly Barbot, Henri Prade
- article
- ECAI – 21th European Conference on Artificial Intelligence, Aug 2014, Prague, Czech Republic
- Accès au bibtex
-
- titre
- Logol: Expressive Pattern Matching in sequences. Application to Ribosomal Frameshift Modeling
- auteur
- Catherine Belleannée, Olivier Sallou, Jacques Nicolas
- article
- PRIB2014 – Pattern Recognition in Bioinformatics, 9th IAPR International Conference, Lukas KALL, Aug 2014, Stockholm, Sweden. pp.34-47, ⟨10.1007/978-3-319-09192-1_4⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Integrating GALAXY workflows in a metadata management environment
- auteur
- François Moreews, Yvan Le Bras, Olivier Dameron, Cyril Monjeaud, Olivier Collin
- article
- Galaxy Community Conference, Jul 2014, Baltimore, United States
- Accès au bibtex
-
- titre
- Using ASP to integrate large-scale heterogeneous information about the response of a biological system
- auteur
- Anne Siegel
- article
- 5th Workshop on Logic and Systems Biology (associated with CSL/LICS 2014), Jul 2014, VIenna, Austria
- Accès au bibtex
-
- titre
- Long non-‐coding RNA in the pea aphid; identification and comparative expression in sexual and asexual embryos
- auteur
- Fabrice Legeai, Thomas Derrien, Valentin Wucher, David Audrey, Gaël Le Trionnaire, Denis Tagu
- article
- Arthropod Genomics Symposium, Jun 2014, Urbana, United States
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Automated Enzyme classification by Formal Concept Analysis
- auteur
- François Coste, Gaëlle Garet, Agnès Groisillier, Jacques Nicolas, Thierry Tonon
- article
- ICFCA – 12th International Conference on Formal Concept Analysis, Jun 2014, Cluj-Napoca, Romania
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Integration of miRNAs data into a gene network of the pea aphid.
- auteur
- Valentin Wucher, Jacques Nicolas, Fabrice F. Legeai, Hervé Seitz, Denis Tagu
- article
- 7th International Symposium on Molecular Insect Science., 2014, Amsterdam, Netherlands
- Accès au bibtex
-
- titre
- Modeling parsimonious putative regulatory networks: complexity and heuristic approach
- auteur
- Vicente Acuña, Andrés Aravena, Alejandro Maass, Anne Siegel
- article
- 15th conference in Verification, Model Checking, and Abstract Interpretation, 2014, San Diego, United States. pp.322-336, ⟨10.1007/978-3-642-54013-4_18⟩
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-
- titre
- Multivariate Normal Approximation for the Stochastic Simulation Algorithm: limit theorem and applications
- auteur
- Vincent Picard, Anne Siegel, Jérémie Bourdon
- article
- SASB – 5th International Workshop on Static Analysis and Systems Biology, 2014, Munchen, Germany
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Book sections
- titre
- Bioinformatique
- auteur
- François Coste, Claire Nédellec, Thomas Schiex, Jean-Philippe Vert
- article
- Pierre Marquis and Odile Papini and Henri Prade. Panorama de l’intelligence artificielle Ses bases méthodologiques, ses développements, 3, Cépaduès, 374 p., 2014, 9782364930438
- Accès au bibtex
-
- titre
- Analogical Proportions in a Lattice of Sets of Alignments Built on the Common Subwords in a Finite Language
- auteur
- Laurent Miclet, Nelly Barbot, Baptiste Jeudy
- article
- Prade, Henri and Richard, Gilles. Computational Approaches to Analogical Reasoning: Current Trends, Studies in Computational Intelligence, Springer-Verlag Berlin Heidelberg, pp.245-260, 2014, 978-3-642-54515-3. ⟨10.1007/978-3-642-54516-0_10⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Edge Selection in a Noisy Graph by Concept Analysis – Application to a Genomic Network
- auteur
- Valentin Wucher, Denis Tagu, Jacques Nicolas
- article
- Lausen, Berthold; Krolak-Schwerdt, Sabine; Böhmer, Matthias. Data Science, Learning by Latent Structures, and Knowledge Discovery, Springer, pp.550, 2014, Data Science, Learning by Latent Structures, and Knowledge Discovery, 978-3-662-44982-0. ⟨10.1007/978-3-662-44983-7_31⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Reasoning on the response of logical signaling networks with Answer Set Programming
- auteur
- Torsten Schaub, Anne Siegel, Santiago Videla
- article
- Logical Modeling of Biological Systems, Wiley Online Librairy, pp.49-92, 2014, ⟨10.1002/9781119005223.ch2⟩
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-
Master thesis
- titre
- Identification in silico du site de fixation à l’ARN de la protéine PTBP1 : découverte de motifs par utilisation de l’outil RSAT via des données CLIP-Seq publiques
- auteur
- Léa Fléchon, Stéphanie Mottier, Aymeric Antoine-Lorquin, Catherine Belleannée
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. 2014
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Protein design: a NP-hard problem in bioinformatics
- auteur
- Hugo Bazille
- article
- Computer Science [cs]. 2014
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Poster communications
- titre
- Searching for Optimal Orders for Discretized Distance Geometry
- auteur
- Douglas Gonçalves, Jacques Nicolas, Antonio Mucherino
- article
- Proceedings of Many Faces of Distances (MDF14), Oct 2014, Campinas, São Paulo, Brazil. 2014
- Accès au bibtex
-
- titre
- e-Science in France, a Life science Western story
- auteur
- Yvan Le Bras, Aurélien Roult, Cyril Monjoeaud, Bahin Mathieu, Olivier Quenez, Heriveau Claudia, Olivier Sallou, Anthony Bretaudeau, Olivier Collin
- article
- Galaxy Community Conference (GCC2014), Jun 2014, Baltimore, United States
- Accès au bibtex
-
Theses
- titre
- Classification and characterization of enzymatic families with formal methods
- auteur
- Gaëlle Garet
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2014. Français. ⟨NNT : 2014REN1S082⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Combinatorial completion for metabolic network reconstruction, and application to the model organism for brown algae Ectocarpus siliculosus
- auteur
- Sylvain Prigent
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2014. Français. ⟨NNT : 2014REN1S077⟩
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-
- titre
- Modeling of a gene network between mRNAs and miRNAs to predict gene functions involved in phenotypic plasticity in the pea aphid
- auteur
- Valentin Wucher
- article
- Interactions entre organismes. Université de Rennes, 2014. Français. ⟨NNT : 2014REN1S076⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Reasoning on the response of logical signaling networks with answer set programming
- auteur
- Santiago Videla
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes; Universität Postdam (Allemagne), 2014. English. ⟨NNT : 2014REN1S035⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2013
Journal articles
- titre
- Development of genomic resources for the tick Ixodes ricinus: isolation and characterization of Single Nucleotide Polymorphisms
- auteur
- Elsa Quillery, Olivier Quenez, Pierre Peterlongo, Olivier Plantard
- article
- Molecular Ecology Resources, 2013, 14 (2), pp.393-400. ⟨10.1111/1755-0998.12179⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Minimal Intervention Strategies in Logical Signaling Networks with ASP
- auteur
- Roland Kaminski, Anne Siegel, Torsten Schaub, Santiago Videla
- article
- Theory and Practice of Logic Programming, 2013, 29th International Conference on Logic Programming, 13 (Special issue 4-5.), pp.675-690. ⟨10.1017/S1471068413000422⟩
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- titre
- Exhaustively characterizing feasible logic models of a signaling network using Answer Set Programming
- auteur
- Carito Guziolowski, Santiago Videla, Federica Eduati, Sven Thiele, Thomas Cokelaer, Anne Siegel, Julio Saez-Rodriguez
- article
- Bioinformatics, 2013, 29 (18), pp.2320-2326. ⟨10.1093/bioinformatics/btt393⟩
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- titre
- Measuring the evolution of ontology complexity: the gene ontology case study
- auteur
- Olivier Dameron, Charles Bettembourg, Nolwenn Le Meur
- article
- PLoS ONE, 2013, 8 (10), pp.e75993. ⟨10.1371/journal.pone.0075993⟩
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- titre
- An Extended Network of Genomic Maintenance in the Archaeon Pyrococcus abyssi Highlights Unexpected Associations between Eucaryotic Homologs
- auteur
- Pierre-François Pluchon, Thomas Fouqueau, Christophe Crezé, Sébastien Laurent, Julien Briffotaux, Gaëlle Hogrel, Adeline Palud, Ghislaine Henneke, Anne Godfroy, Winfried Hausner, Michael Thomm, Jacques Nicolas, Didier Flament
- article
- PLoS ONE, 2013, 8 (11), pp.1-15. ⟨10.1371/journal.pone.0079707⟩
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Conference papers
- titre
- Analogical proportions and the factorization of information in distributive lattices
- auteur
- Nelly Barbot, Laurent Miclet, Henri Prade
- article
- 10th International Conference on Concept Lattices and Their Applications (CLA), Oct 2013, La Rochelle, France
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- titre
- AphidAtlas : avancées récentes
- auteur
- Anthony Bretaudeau, Olivier Dameron, Fabrice Legeai, Yvan Rahbé
- article
- BAPOA 2013 MOP, Oct 2013, Montpellier, France
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- titre
- Generating discrete planes with substitutions
- auteur
- Valerie Berthe, Jérémie Bourdon, Timo Jolivet, Anne Siegel
- article
- WORDS – 9th International Conference on Words – 2013, Sep 2013, Turku, Finland
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- titre
- Extending the Metabolic Network of Ectocarpus Siliculosus using Answer Set Programming
- auteur
- Guillaume Collet, Damien Eveillard, Martin Gebser, Sylvain Prigent, Torsten Schaub, Anne Siegel, Sven Thiele
- article
- LPNMR – 12th Conference on Logic Programming and Nonmonotonic Reasoning – 2013, Sep 2013, Corunna, Spain
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- titre
- An ASP application in integrative biology: identification of functional gene units
- auteur
- Philippe Bordron, Damien Eveillard, Alejandro Maass, Anne Siegel, Sven Thiele
- article
- LPNMR – 12th Conference on Logic Programming and Nonmonotonic Reasoning – 2013, Sep 2013, Corunna, Spain
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- titre
- Under-approximating Cut Sets for Reachability in Large Scale Automata Networks
- auteur
- Loïc Paulevé, Geoffroy Andrieux, Heinz Koeppl
- article
- 25th International Conference, CAV 2013, Saint Petersburg, Russia, July 13-19, 2013. Proceedings, Jul 2013, Saint Petersburg, Russia. pp.69-84, ⟨10.1007/978-3-642-39799-8_4⟩
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- titre
- Edge Selection in a Noisy Graph by Concept Analysis: Application to a Genomic Network
- auteur
- Valentin Wucher, Denis Tagu, Jacques Nicolas
- article
- ECDA – European Conference on Data Analysis – 2013, Jul 2013, Luxembourg, Luxembourg
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- titre
- Towards a Life Sciences Virtual Research Environment
- auteur
- Yvan Le Bras, Aurélien Roult, Cyril Monjoeaud, Bahin Mathieu, Olivier Quenez, Heriveau Claudia, Anthony Bretaudeau, Olivier Sallou, Olivier Collin
- article
- JOBIM 2013 – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France
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- titre
- Proportions analogiques et factorisation de l’information dans les treillis distributifs
- auteur
- Nelly Barbot, Laurent Miclet, Henri Prade
- article
- Journées d’Intelligence Artificielle Fondamentale (JIAF), Jun 2013, Aix en Provence, France
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- titre
- Extracting robust information from knowledge and observations on a biological system: a formal system framework
- auteur
- Anne Siegel
- article
- PRIB – Eighth IAPR International Conference on Pattern Recognition in Bioinformatics – 2013, Jun 2013, Nice, France
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- titre
- Développement et évaluation d’un algorithme de représentation des parcours de soins de patientes atteintes d’un cancer du sein à partir des données d’un système d’information régional
- auteur
- Alexandre Rollet, Gautier Defossez, Olivier Dameron, Poitou-Charentes Corim, Poitou-Charentes Crisap, Pierre Ingrand
- article
- Proceedings of the conference Évaluation Management Organisation Information Santé (EMOIS2013, Nancy, France), 2013, Nancy, France
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-
Poster communications
- titre
- Exploring the metabolic flexibility of the mammary gland of dairy cows through flux-balance analysis
- auteur
- Sophie Lemosquet, O. Abdou Arbi, Jaap J. van Milgen, Anne Siegel, J. Bourdon
- article
- Meeting of the Animal Science Modelling Group, Jul 2013, Indianapolis, United States. , Canadian Journal of Animal Science, 93 (4), 2013, Canadian Journal of Animal Science
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-
Documents associated with scientific events
- titre
- MINIA on a Raspberry Pi, Assembling a 100 Mbp Genome on a Credit Card Sized Computer
- auteur
- Guillaume Collet, Guillaume Rizk, Rayan Chikhi, Dominique Lavenier
- article
- JOBIM – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France. 2013
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Theses
- titre
- Semantic methods for the cross-species metabolic pathways comparison : application to human, mice and chicken lipid metabolism
- auteur
- Charles Bettembourg
- article
- Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2013. Français. ⟨NNT : ⟩
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- titre
- Probabilistic and constraint based modelling to determine regulation events from heterogeneous biological data
- auteur
- Andrés Octavio Aravena Duarte
- article
- Other [cs.OH]. Université de Rennes; Universidad de Chile, 2013. English. ⟨NNT : 2013REN1S151⟩
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- titre
- Study of the variability of nutrient contributions to a metabolic network : modelling, optimization and application to nutrition
- auteur
- Oumarou Abdou Arbi
- article
- Autre [cs.OH]. Université de Rennes, 2013. Français. ⟨NNT : 2013REN1S119⟩
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-
- titre
- Modélisation dynamique de la signalisation cellulaire : aspects différentiels et discrets; application à la signalisation du facteur de croissance TGF-beta dans le cancer
- auteur
- Geoffroy Andrieux
- article
- Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2013. Français. ⟨NNT : ⟩
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2012
Journal articles
- titre
- CyanoLyase: a database of phycobilin lyase sequences, motifs and functions
- auteur
- Anthony Bretaudeau, François Coste, Florian Humily, Laurence Garczarek, Gildas Le Corguillé, Christophe Six, Morgane Ratin, Olivier Collin, Wendy M Schluchter, Frédéric Partensky
- article
- Nucleic Acids Research, 2012, pp.6. ⟨10.1093/nar/gks1091⟩
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-
- titre
- Environmental factors determining ammonia-oxidizing organism distribution and diversity in marine environments.
- auteur
- Nicholas J Bouskill, Damien Eveillard, Diana Chien, Amal Jayakumar, Bess B Ward
- article
- Environmental Microbiology, 2012, 14 (3), pp.714-729. ⟨10.1111/j.1462-2920.2011.02623.x⟩
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-
- titre
- Searching for Smallest Grammars on Large Sequences and Application to DNA
- auteur
- Rafael Carrascosa, François Coste, Matthias Gallé, Gabriel Infante-Lopez
- article
- Journal of Discrete Algorithms, 2012, Special issue on Stringology, Bioinformatics and Algorithms, 11, pp.62-72. ⟨10.1016/j.jda.2011.04.006⟩
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-
- titre
- Substitutive Arnoux-rauzy sequences have pure discrete spectrum
- auteur
- Valérie Berthé, Timo Jolivet, Anne Siegel
- article
- Uniform Distribution Theory, 2012, 7 (1), pp.173-197
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-
- titre
- Dynamic regulation of Tgf-B signaling by Tif1γ: a computational approach.
- auteur
- Geoffroy Andrieux, Laurent Fattet, Michel Le Borgne, Ruth Rimokh, Nathalie Théret
- article
- PLoS ONE, 2012, 7 (3), pp.e33761. ⟨10.1371/journal.pone.0033761⟩
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Conference papers
- titre
- Revisiting the Training of Logic Models of Protein Signaling Networks with a Formal Approach based on Answer Set Programming
- auteur
- Santiago Videla, Carito Guziolowski, Federica Eduati, Sven Thiele, Niels Grabe, Julio Saez-Rodriguez, Anne Siegel
- article
- CMSB – 10th Computational Methods in Systems Biology 2012, D. Gilbert and M. Heiner, Oct 2012, London, United Kingdom. pp.342-361, ⟨10.1007/978-3-642-33636-2_20⟩
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-
- titre
- Local Substitutability for Sequence Generalization
- auteur
- François Coste, Gaelle Garet, Jacques Nicolas
- article
- ICGI 2012, University of Maryland, Sep 2012, Washington, United States. pp.97-111
- Accès au bibtex
-
- titre
- A Lattice of Sets of Alignments Built on the Common Subword in a Finite Language
- auteur
- Laurent Miclet, Nelly Barbot, Baptiste Jeudy
- article
- International Conference on Grammatical Inference, Sep 2012, United States. pp.164-176
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- titre
- Analogical proportions in a lattice of sets of alignments built on the common subwords in a finite language
- auteur
- Laurent Miclet, Nelly Barbot, Baptiste Jeudy
- article
- 1st International Workshop on Similarity and Analogy-based methods in AI (SAMAI), Aug 2012, Montpellier, France. pp.25-31
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-
- titre
- Modeling cell signaling pathways with discrete dynamical systems : Application to the Transforming Growth Factor β (TGFβ) dependent Epithelial-Mesenchymal Transition
- auteur
- Geoffroy Andrieux, Michel Le Borgne, Nathalie Theret
- article
- ISMB 2012, Jul 2012, Long Beach, United States
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-
- titre
- Exploitation à large échelle de bases de données de connaissance sur les réactions et régulations pour trouver des régulateurs clés de groupe de gènes
- auteur
- Pierre Blavy, Florence Gondret, Sandrine Lagarrigue, Jaap J. van Milgen, Anne Siegel
- article
- Journées ouvertes en biologie, informatique et mathématiques, Jul 2012, Rennes, France. pp.161-170
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- titre
- Expressive Pattern Matching with Logol. Application to the Modelling of -1 Ribosomal Frameshift events
- auteur
- Catherine Belleannée, Olivier Sallou, Jacques Nicolas
- article
- JOBIM 2012- 13e Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2012, Rennes, France. pp.5-14
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- titre
- Using Mutual Information and Answer Set Programming to refine PWM based transcription regulation network
- auteur
- Andres Aravena, Carito Guziolowski, Anne Siegel, Alejandro Maass
- article
- Jobim 2012, Jul 2012, Rennes, France. pp.171
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- titre
- Modeling cell signaling pathways with discrete dynamical systems : Application to Transforming Growth Factor β (TGFβ) signaling
- auteur
- Geoffroy Andrieux, Michel Le Borgne, Nathalie Theret
- article
- Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jul 2012, Rennes, France
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- titre
- Systems biology approaches at cellular level in the model organism Ectocarpus siliculosus to better understand brown algal physiology
- auteur
- Thierry Tonon, Patricia Bonin, Sylvain Prigent, Z. Shao, Agnès Groisillier, Sylvie Rousvoal, Sophie Goulitquer, Jérémie Bourdon, Damien Eveillard, Catherine Boyen, Anne Siegel
- article
- Esil 2012: algal post-genomics, Apr 2012, Roscoff, France
- Accès au bibtex
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- titre
- Using large scale knowledge database about reactions and regulations to find key regulators of sets of genes
- auteur
- Pierre Blavy, Florence Gondret, Sandrine Lagarrigue, Jaap J. van Milgen, Anne Siegel
- article
- JOBIM 2012, Inria, 2012, Rennes, France. pp.123-132
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Book sections
- titre
- To detect and analyze sequence repeats whatever be their origin
- auteur
- Jacques Nicolas
- article
- Yves Bigot. Mobile genetic elements : protocols and genomic applications, 859, Springer, pp.69-90, 2012, Springer Protocols, 978-1-61779-602-9. ⟨10.1007/978-1-61779-603-6⟩
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-
Books
- titre
- Jobim 2012, 13e Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, 3-6 Juillet 2012, Rennes
- auteur
- François Coste, Denis Tagu
- article
- François Coste and Denis Tagu. Inria Rennes – Bretagne Atlantique, pp.558, 2012, 13 978-2-7261-1301-1
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Reports
- titre
- Recherche d’éléments structurés dans les génomes par modèles logiques
- auteur
- Antoine Rocheteau, Catherine Belleannée
- article
- [Rapport de recherche] PI-1994, 2012, pp.30
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