Catherine BelleannéeMaître de conférence Istic – Université de Rennes 1Dyliss team, Irisa / Inria Rennes-Bretagne Atlantique, |
Recherche
Ma recherche porte principalement sur l’analyse de séquences biologiques, plus particulièrement les séquences d’ADN ou ARN et sur une recherche de structuration dans le texte de ces séquences.
Avec Jacques Nicolas et Olivier Sallou, nous avons notamment élaboré Logol, un langage de description des séquences (ADN, ARN, protéines) permettant d’exprimer des motifs complexes (pouvant par exemple contenir des répétitions, gaps ou tiges-boucles imbriquées) au moyen de modèles grammaticaux. Ce langage, qui prend ses bases dans les grammaires à variables de chaînes (SVG grammars) définies par David Searls, se situe dans la classe des langages faiblement contextuels (mildly context-sensitive). L’analyseur syntaxique associé, qui met en œuvre la reconnaissance (pattern matching) de ces motifs, est développé au sein de la plateforme bioinformatique GenOuest et est accessible sur le site de GenOuest http://logol.genouest.org/web/app.php/logol.
Enseignement
J’enseigne principalement des notions d’outils formels à des étudiants en licence ou master informatique. Il s’agit par exemple de transmettre les principes d’induction qui permettent de construire les structures récursives, ou d’ordre qui permettent d’assurer la terminaison des programmes récursifs, ou encore de théorie des langages qui servent de support à l’analyse syntaxique ou à la compilation des programmes. J’enseigne également la programmation (programmation logique à des étudiants de master 1 ou programmation fonctionnelle à des étudiants de Licence 1).
Responsabilités
Membre du comité d’action sociale de l’université de Rennes 1
Membre de la commission d’action sociale interuniversitaire Rennes1/Rennes2
Responsables des stages de master 1 Ingénierie des Logiciels et master 1 Cloud et Réseau
